mVISTA 多序列比對葉綠體基因組

2022-07-07 07:30:22 字數 1074 閱讀 1800

mvista可對2個或者多個dna序列進行比較,可以對比對結果進行視覺化。

詳情請大力戳這裡

mvista 需要輸入的檔案有如下幾類

必須檔案

可選檔案

< 106481 116661 gene1 

106481 106497 utr

107983 108069 exon

109884 110033 exon

111865 112023 exon

> 39424 42368 gene2

39424 39820 exon

41401 42368 exon

> 77817 81088 gene3

77817 78820 utr

79538 80107 exon

給出基因的起始,終止座標; '>', '

上述格式檔案可以通過 ensembl genome browser快速匯出具體請看

選擇3個測試資料進行檢驗

step 1 選擇比對序列條數

step 2 上傳序列以及注釋檔案並提及即可

其中注釋檔案的格式利用指令碼進行轉換(指令碼進行稍微修改,省下自己寫,感謝好人),即注意正負鏈,以及換行。上傳ref的注釋檔案即可。

結果則會得到3中型別檔案

點選pdf,可檢視比對結果,如下所示

其中cns:保守非編碼序列 (conserved non-coding sequences)

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