沒有深入研究，只想對多序列做個比對，然後分組，具體命令如下：
1、多序列比對（資料量不大，曾經用了乙個挺大的，直接吐核，放棄了，網上有說多執行緒操作，沒有用，照例吐）
muscle -in seqs.fa -out seqs.afa
對於大資料集可以使用（我用了，直接報錯，不知道咋回事，希望能有成功的寶寶）
muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -maxiters 2
2、序列轉變為clustalw格式
muscle -in seq.afa -clw -out seq.clw
因為clw檔案是分段顯示的，我用python做了合併，輸出整體序列比對結果（很不幸，這次比對不太好，我大概要棄了muscle,試下cd-hit,實在不行還得後續想辦法，哭泣。。。）
import json
dict={}
with open('seq.clw','r')as js:
for line in js.readlines():
print(line)
if line.isspace():
continue
else:
s=line.split( )
print(s)
if s[0] in dict.keys():
dict[s[0]]=dict[s[0]]+s[1]
else:
dic=
dict.update(dic)
js.close()
filew=open('catclw.clw','w')
for key in dict.keys():
filew.write(key+" "+dict[key]+"\n")
filew.close()
3、根據多重比對結果構建upgma樹
muscle -maketree -in seqs.afa -out seqs.phy
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