生信基礎課 初學者入門Linux最少必要的知識點

2021-09-29 03:43:58 字數 1957 閱讀 2465

這是我在嗶哩嗶哩上課程的文字稿版本。我有點完美主義的傾向,所以為了避免自己因為覺得自己某個部分的說話不利索,不清楚,所以總是會寫稿子。

素材庫

這次課程的主題是生信入門必須學習的幾個linux操作。

如果你要學習生物資訊學,那麼你一定要學會使用linux。這是因為,絕大部分的生信軟體都需要執行在linux平台,並且有些時候,你會要用到伺服器去處理大量的資料,而這些伺服器幾乎都是linux環境。

當然,你可以說,我可以用雲平台呀,畢竟現在很多公司都開發了雲平台,我們拖拖拽拽就可以搞分析了呀。是的,現在的雲平台也來越成熟,使用體驗也很棒,我也很喜歡。不過我還是建議大家學linux,因為當你學會linux之後,你會變得更加自由,不再受限於別人的平台,而且能讓日常工作變得高效起來。

那麼如何學習呢?通常你問別人如何學linux的時候,對方十有**會給你推薦鳥哥的書,這沒啥毛病,因為我也是靠鳥哥的書入門的,那本書已經被我翻成了這副模樣。

學習沒有捷徑,但是可以少走幾步路。我們不需要精通linux,成為linux大牛,靠linux吃飯,我們只需要掌握一些基本操作,搞得定日常基本操作就行。就像絕大部分人用windows的時候,也不知道如何配置windows裡的環境變數,但是一點不妨礙基本使用呀。

通過我對自己平時操作的總結,我認為學linux起碼要掌握下面這三方面內容。

在演示linux操作之前,我一定要先強調下tab補全的重要性,它是我認為最重要的乙個操作。

初學者在學習linux的時候,最常見的狀態就是,按照教程內容,乙個乙個字元的敲。由於剛學習,敲**還不熟練,因此,十有**會出現敲錯的情況,那麼結果就是**執行失敗。執行失敗怎麼辦?可能也不會去看報錯,然後檢查自己的輸入,估計就是截圖或者拍照發到群裡提問了。

因此,在正式開始敲**之前,大家先在鍵盤上找到tab,多敲幾次,感受到它的存在。

後面,我還會不斷強調它,直到它刻在你的腦子裡。

接下來,我們來講講這次課程的主要內容,操作遷移

我們在windows上最常做的操作是什麼呢?我覺得,最常見的操作應該是下面這些吧

那麼這些操作在linux裡的對應命令是什麼呢?我們先瀏覽一下命令,然後通過乙個模擬的專案來乙個個了解他們。

那麼這些命令應該怎麼用呢?其實很簡單,就是輸入命令名,後面的引數,看情況加。強調一點,如果要用到引數,那麼命令名和引數之間是需要空格分隔的。

我們以乙個專案為例,去學習使用最常見的linux命令。這個任務內容如下

1, 在家目錄下建立資料夾,名為 abc

2, 將abc重新命名為 study

4, 使用less檢視檔案內容

5, 刪除gff 檔案

6,刪除study資料夾

環境變數也是linux學習中非常重要的知識點,不了解他甚至都不能用好軟體。

不過環境變數屬於哪種你不知道,你覺得很高階,一旦知道後,卻發現很簡單的存在。其實我們從小學或者初中開始就通過數學了解到它。比如說x + 3 =5, x+ 4=5,其中的x就是變數,就是會變的量。

在計算機裡,它就用來儲存其他的值乙個名字,相當於乙個中介。

變數有可以分為環境變數和區域性變數,環境變數就是比區域性變數作用更廣泛的乙個變數。舉個例子,當我說到愛因斯坦這個名字時,這會讓你想到的是乙個物理學家,但是如果你家裡有乙隻貓,它也叫愛因斯坦,他就是乙個區域性變數。區域性變數可以覆蓋環境變數。

接下來我們將會通過乙個例子,通過path這個環境變數來理解。

對於入門而言,知道的越少越好,因為細節無窮無盡。你先要上手,會敲命令了。那麼後期繼續深入反而就只是時間問題了。

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