git clone mirdeep2.0.1.2
cd mirdeep2.0.1.2/
install.pl指令碼進行安裝
perl install.pl提示資訊
可以按照他的要求，直接使用source ~/.bashrc載入環境變數，然後再次執行perl install.pl就會幫你解決依賴關係，依賴工具如下
bowtie short read aligner
vienna package with rnafold
squid library
randfold
perl package pdf::api2
參考基因組的fasta檔案
mirbase中該物種的成熟mirna
mrbase中該物種的前體mirna
高通量測序結果的fasta檔案
假如你已經有了如下檔案
檔名描述資訊
cel_cluster.fa參考基因組的fasta檔案
mature_ref_this_species.famirbase中該物種的成熟mirna
mature_ref_other_species.famirbase中該物種鄰近物種的成熟mirna
precursors_ref_this_species.famrbase中該物種的前體mirna
reads.fa高通量測序結果的fasta檔案
第一步: 建立索引
bowtie-build cel_cluster.fa cel_cluster-s reads_collapsed.fa -t reads_collapsed_vs_genome.arf -v
各個引數的含義如下:
第三步（可選）: 快速進行定量。如果不需要**新的mirna， 可以用直接用mirbase資料庫進行定量
quantifier.pl -p precursors_ref_this_species.fa -m mature_ref_this_species.fa \
-r reads_collapsed.fa -t cel -y 16_19
mirna_expressed.csv, 記錄每個樣本的每個mirna的count數，結果同樣可以用網頁開啟expression_16_19.html檢視
第四步: 鑑定新的mirna，並進行定量
mirdeep2.pl reads_collapsed.fa cel_cluster.fa reads_collapsed_vs_genome.arf \
mature_ref_this_species.fa mature_ref_other_species.fa \
precursors_ref_this_species.fa -t c.elegans 2> report.log
這一步要求的參考基因組的序列不能有'atcgn'以外的字元，沒遇到報錯就萬事大吉，遇到報錯就用tr解決吧
第五步: 瀏覽結果
最後可以開啟results.html檢視結果。
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