多位點序列分型
(multilocus sequence typing，mlst)是一種基於核酸序列測定的
細菌分型方法，通過pcr擴增多個管家基因內部片段，測定其序列，分析菌株的變異，從而進行分型。mlst是由多位點酶電泳（mlee）衍生出來的一種分型方法，由maiden等研究設計，於2023年首先應用於自然變異是的腦膜炎奈色球菌（neisseria meningitides），後來被廣泛應用於其它
病原菌、環境菌和真核生物中。
與傳統分子生物學分型方法相比，mlst具有更高的分辨力，能將同種細菌分為更多的亞型，並確定不同st型之間的系統發育關係以及與疾病的聯絡。mlst操作簡單，結果能快速得到並且便於不同實驗室的比較，已經用於多種細菌的流行病學監測和進化研究。隨著測序速度的加快和成本的降低，以及分析軟體的發展，mlst逐漸成為細菌的常規分型方法。mlst越來越多的被作為能進行國際間菌株比較的常用工具，建立一種更為準確的分型系統方法。mlst目前已經成為了細菌分子流行病學研究的一種重要方法，可通過資料庫與其它國家和地區的研究結果進行比對，從而更加全面的認識本地區細菌流行的特徵。
多位點序列分型的原理：mlst方法一般測定6~10個管家基因內部400~600bp的核苷酸序列，每個位點的序列根據其發現的時間順序賦予乙個等位基因編號，每一株菌的等位基因編號按照指定的順序排列就是它的等位基因譜，也就是這株菌的序列型（sequence type，st）。這樣得到的每個st均代表一組單獨的核苷酸序列資訊。通過比較st可以發現菌株的相關性，即密切相關菌株具有相同的st或僅有極個別基因位點不同的st，而不相關菌株的st至少有3個或3個以上基因位點不同。
mlst分析方法：mlst技術針對看家基因設計引物對其進行pcr擴增和測序，得出每個菌株各個位點的等位基因數值，然後進行等位基因圖譜(allelic profile)或序列型別(sequence types，sts)鑑定，再根據等位基因圖譜使用配對差異矩陣(matrix pair-wise differences)等方法構建系統樹圖進行聚類分析。
mlst分析方案設計要素：（1）選擇經過初步篩選的菌株；（2）選擇具有獨特特徵的基因位點；（3）設計用於基因擴增和序列測定的引物。
實際運用中，對於已有的成熟mlst方案的細菌，可直接從mlst資料庫（
）中獲取分型方案。mlst
根據contig組裝結果進行序列分型 要輸入屬別 屬別名稱可以輸入 mlst --list去查詢
漸增型演算法三 劃分序列
目錄提供序列a p.r 要求以a r 為分界值，將原序列分兩部分 其中a p.q 1 中元素值小於分界值，a q 1.r 中的元素值大於分界值 返回新序列中的分界值下標q 說明 逐個比較序列值，若是其值大於分界值，則將其移到序列尾部，序列其他值前移 可能需要頻繁移動陣列，效率較低 int parti...
序列型動規
d i 中的i表示前i的元素的某種性質。有一排n棟房子，每棟房子要漆成k種顏色中的一種 任何兩棟相鄰的房子不能漆成同樣的顏色 房子i染成第j種顏色的花費是cost i j 問最少需要花多少錢油漆這些房子 輸入 n 3,k 3 cost 14,2,11 11,14,5 14,3,10 輸出 10 房子...
序列型動態規劃 最長遞增子串行
給你乙個整數陣列 nums 找到其中最長嚴格遞增子串行的長度。子串行是由陣列派生而來的序列，刪除 或不刪除 陣列中的元素而不改變其餘元素的順序。例如，3,6,2,7 是陣列 0,3,1,6,2,2,7 的子串行。示例 輸入 nums 10,9,2,5,3,7,101,18 輸出 4 解釋 最長遞增子...