上圖大家都不陌生，gsea分析出來的乙個結果圖。這裡想像大家介紹的不是這個圖是什麼意思，而是這個圖換一種形式展示！
dataset = ldply(data, data.frame)
#將檔案字尾刪掉
datasetpat
hway
=gsu
b(".
xls"
,"",
data
setpathway = gsub(".xls","",dataset
pathwa
y=gs
ub("
.xls
",""
,dat
aset
.id)
gseacol=c("#58cdd9","#7a142c","#5d90ba","#431a3d","#91612d","#6e568c","#e0367a","#d8d155","#64495d","#7cc767","#223d6c","#d20a13","#ffd121","#088247","#11aa4d")
pgsea=ggplot(dataset,aes(x=rank.in.gene.list,y=running.es,colour=pathway,group=pathway))+
geom_line(size = 1.5) + scale_color_manual(values = gseacol[1:nrow(dataset)]) +
labs(x = 「」, y = 「enrichment score」, title = 「」) + scale_x_continuous(expand = c(0, 0)) +
scale_y_continuous(expand = c(0, 0),limits = c(min(datasetrun
ning
.es−
0.02),
max(
data
setrunning.es - 0.02), max(dataset
runnin
g.es
−0.0
2),m
ax(d
atas
etrunning.es + 0.02))) +
theme_bw() + theme(panel.grid = element_blank()) + theme(panel.border = element_blank()) + theme(axis.line = element_line(colour = 「black」)) + theme(axis.line.x = element_blank(),axis.ticks.x = element_blank(),axis.text.x = element_blank()) +
geom_hline(yintercept = 0) + theme(legend.position = c(0,0),legend.justification = c(0,0)) + #legend注釋的位值
guides(colour = guide_legend(title = null)) + theme(legend.background = element_blank()) + theme(legend.key = element_blank())+theme(legend.key.size=unit(0.8,『cm』))
pgene=ggplot(dataset,aes(rank.in.gene.list,pathway,colour=pathway))+geom_tile()+
scale_color_manual(values = gseacol[1:nrow(dataset)]) +
labs(x = 「high expressionlow expression」, y = 「」, title = 「」) +
scale_x_discrete(expand = c(0, 0)) + scale_y_discrete(expand = c(0, 0)) +
theme_bw() + theme(panel.grid = element_blank()) + theme(panel.border = element_blank()) + theme(axis.line = element_line(colour = 「black」))+
theme(axis.line.y = element_blank(),axis.ticks.y = element_blank(),axis.text.y = element_blank())+ guides(color=false)
ggsea = ggplot_gtable(ggplot_build(pgsea))
ggene = ggplot_gtable(ggplot_build(pgene))
maxwidth = grid::unit.pmax(ggseawid
ths,
ggen
ewidths, ggene
widths
,gge
newidths)
ggseawid
ths=
as.l
ist(
maxw
idth
)gge
newidths = as.list(maxwidth) ggene
widths
=as.
list
(max
widt
h)gg
enewidths = as.list(maxwidth)
dev.off()
#將圖形視覺化，儲存在"multiplegsea.pdf"
pdf(『multiplegsea.pdf』, #輸出的檔案
width=7, #設定輸出高度
height=5.5) #設定輸出高度
par(mar=c(5,5,2,5))
grid.arrange(arrangegrob(ggsea,ggene,nrow=2,heights=c(.8,.3)))
dev.off()
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Apache的rewrite的重寫相關的引數
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