linux系統安裝gdcm的python庫

2021-09-27 07:45:17 字數 1658 閱讀 9709

digital imaging and communications in medicine (dicom) 檔案是醫學上常用的一種資料儲存格式，gdcm庫可以方便地對資料進行讀取。

1、ubuntu系統

可以直接安裝

sudo apt-get install python-gdcm
這種安裝方法會直接給系統的python（/usr/bin）下面那個python安裝。如果只是簡單地使用，這樣就夠了。

cd swig/


./autogen.sh


./configure


make -j8


sudo


make


install
由於我們是有多個虛擬環境的，在執行下面的步驟之前，要切換到你想要安裝的那個虛擬環境

conda activate ***
這一步很重要，因為在下面編譯的時候，swig會根據你的python版本來建立python庫。尤其是我們的虛擬環境python2和python3共存的時候，如果你當前的python是python3，編譯好了之後想要放到python2裡面用，就是不行的。

mkdir gdcm-build


cd gdcm-build


cmake ../gdcm-2.8.9 -dgdcm_build_shared_libs=on -dgdcm_wrap_python=on -dgdcm_documentation=off -dgdcm_build_examples=off -dgdcm_build_testing=off


make -j8


sudo


make


install
接下來，就是把我們編譯好的檔案拷貝到對應的site-packages路徑中。如果不知道你的路徑是什麼，可以再當前的虛擬環境中執行python，然後執行：

這樣就可以看到我們的site-package路徑了。最後我們把編譯好的檔案拷貝到該目錄中

cd bin


sudo


cp gdcm.py gdcmswig.py _gdcmswig.so /上面獲取的路徑/site-packages/
2.3* cmake版本問題

如果在執行

cmake ../gdcm-2.8.9 -dgdcm_build_shared_libs=on -dgdcm_wrap_python=on -dgdcm_documentation=off -dgdcm_build_examples=off -dgdcm_build_testing=off
時候報錯，提示cmake版本過低，需要自行更新cmake版本。參考：

3.測試安裝是否成功

在python中執行

import gdcm
未報錯，則提示安裝成功。

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