基因功能注釋

基因功能的注釋依賴於上一步的基因結構**，根據**結果從基因組上提取翻譯後的蛋白序列和主流的資料庫進行比對，完成功能注釋。常用資料庫一共有以幾種：

注意，後續分析中一定要保證你的蛋白序列中不能有代表氨基酸字元以外的字元，比如說有些軟體會把最後乙個終止密碼子翻譯成"."或者"*"

# download

wget -4 -nd -np -r 1 -a *.faa.gz 
mkdir -p ~/db/refseq
zcat *.gz > ~/db/refseq/plant.protein.faa
# build index
~/opt/biosoft/ncbi-blast-2.7.1+/bin/makeblastdb -in plant.protein.faa -dbtype prot -parse_seqids -title refseq_plant -out plant
# search
~/opt/biosoft/ncbi-blast-2.7.1+/bin/blastp -query protein.fa -out refseq_plant_blastp.xml -db ~/db/refseq/uniprot_sprot.fasta -evalue 1e-5 -outfmt 5 -num_threads 50 &

# download

wget -4 -q 
gzip -d uniprot_sprot.fasta.gz
# builid index
~/opt/biosoft/ncbi-blast-2.7.1+/bin/makeblastdb -in uniprot_sprot.fasta -dbtype prot -title swiss_prot -parse_seqids
# search
~/opt/biosoft/ncbi-blast-2.7.1+/bin/blastp -query protein.fa -out swiss_prot.xml -db ~/db/swiss_prot/uniprot_sprot.fasta -evalue 1e-5 -outfmt 5 -num_threads 50 &

interproscan

下面介紹的工具是interproscan, 從它的9g的體量就可以感受它的強大之處，一次執行同時實現多個資訊注釋。

命令如下

執行時間

使用MAKER進行基因注釋 基礎入門

在基因組注釋上，maker算是乙個很強大的分析流程。能夠識別重複序列，將est和蛋白序列比對到基因組，進行從頭 並在最後整合這三個結果保證結果的可靠性。此外，maker還可以不斷訓練，最初的輸出結果可以繼續用作輸入訓練基因 的演算法，從而獲取更高質量的基因模型。maker的使用比較簡單，在軟體安裝成...

使用MAKER進行基因注釋 基礎入門）

在基因組注釋上，maker算是乙個很強大的分析流程。能夠識別重複序列，將est和蛋白序列比對到基因組，進行從頭 並在最後整合這三個結果保證結果的可靠性。此外，maker還可以不斷訓練，最初的輸出結果可以繼續用作輸入訓練基因 的演算法，從而獲取更高質量的基因模型。maker的使用比較簡單，在軟體安裝成...

go kegg 差異基因的GO與KEGG注釋

寫在前面 這個其實很簡單啦！三個r包可以搞定的事情。三個包分是 clusterprofiler，pathview，org.hs.eg.db。clusterprofiler，pathview兩個包用於繪圖，org.hs.eg.db是用於clusterprofiler注釋的人類的資料庫。先說安裝，我這裡...