gmap最早用於講est/cdna序列比對到參考基因組上，可以用於基因組結構注釋。後來高通量測序時代，又開發了gsnap支援高通量資料比對，這篇文章主要介紹gmap，畢竟高通量轉錄組資料比對大家更喜歡用star, hista2等軟體。
下面是我原始碼安裝的**
wget
tar xf gmap-gsnap-2018-07-04.tar.gz
cd gmap-2018-07-04/
./configure --prefix=$home/opt/biosoft/gmap
make -j 20
gmap/gsnap對fasta檔案中每個記錄下的序列的長度有一定限制, 每一條不能超過4g, 能應付的了大部分物種了。
構建索引分為兩種情況考慮，第一種是乙個fasta檔案包含所有的序列
~/opt/biosoft/gmap/bin/gmap_build -d reference reference.fa~/opt/biosoft/gmap/bin/gmap_build -d reference chr1.fa chr2.fa chr3.fa ...-d表示資料k庫的名字，預設把索引存放在gmap安裝路徑下的share裡，可以用-d更改.此外還有乙個引數-k用於設定k-mer的長度, 預設是15, 理論上只有大於4gb基因組才會有兩條一摸一樣的15bp序列(當然是完全隨機情況下)。
建立完索引之後就可以將已有的cds或者est序列和參考基因組序列進行比較。
~/opt/biosoft/gmap/bin/gmap -t 10 -d reference -f gff3_gene cds.fa > cds_gene.gff3-t設定執行緒數,-d表示參考基因組資料庫的名字, 都是常規引數。我比較感興趣的引數是如何將序列輸出成gff格式. gmap允許多種格式的輸出，比如說-s只看聯配的總體情況，而-a會顯示每個比對上序列的聯配情況, 還可以輸出蛋白序列(-p)或者是genomic序列(-e). 但是做結構注釋要的gff檔案，引數就是-f gff3_gene,-f gff3_match_cdna,-f gff3_match_est。
要想對乙個軟體有更好的認識，最好還是看看他們文章是怎麼說的。
full text, thomas d. wu and colin k. watanabe
fast and snp-tolerant detection of complex variants and splicing in short reads
bioinformatics 2010 26:873-881 abstract
full text, thomas d. wu and serban nacu
如何使用GMAP GSNAP進行轉錄組序列比對
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