Gene Ontology 的GO注釋的視覺化

gene ontology 的go注釋的視覺化@toc

最近因為專案的原因，需要對go terms的注釋進行視覺化，在此之前已經使用visio自己畫了視覺化的圖(天啊，工作量真的好大，畫起來太麻煩啦！)。偶然間發現了乙個goatools這個視覺化的工具，發現自己之前寫太多**了，明明可以直接掉包的==!。

視覺化的時候，必須要安裝pygraphviz。

因為pygraphviz的官網只能支援python2.7的版本，所以只能使用conda重新安裝乙個虛擬環境了：

安裝python2.7虛擬環境，conda create --name py2 python=2.7，因為只需要做視覺化，只用匯入必要的包就可以了，暫時不用安裝其他的庫；

安裝完成後用一小段**看是否安裝成功；

import pygraphviz as pyg

g=pyg.agraph(
)#建立圖 
g.add_node(
'a')
#建立點
g.add_edge(
'a',
'b')
#建立邊
g.add_edge(
'a',
'c')
#建立邊
g.layout(prog=
'dot'
)#繪圖型別
g.draw(
'pyg1.png'
)#繪製

畫出下面的這個列表的所有的go terms的dag圖

[

'go:0004176'
,'go:0042802'
,'go:0005117'
,'go:0009376'
,'go:0005515'
]

node_temp=

['go:0004176'
,'go:0042802'
,'go:0005117'
,'go:0009376'
,'go:0005515'
]go=obo_parser.godag(
'../data/go-basic.obo'
,optional_attrs=
'relationship'
)recs=
for node in node_temp:
rec=go.query_term(node)
# 設定draw_children=false,否則畫出的圖將非常龐大！
go.draw_lineage(recs,draw_children=
false
)

如果還需要對進一步的美化和編輯，可以利用cytoscape工具。

背景：非root使用者，並且沒有許可權

看了很多的部落格和stackoverflow，關於centos安裝pygraphviz的經驗真的是少之又少，對於非root使用者，更沒有了。。。。。。

這裡列出兩種，並且其中一種無效。

方法一：

pip install graphviz

# 發現安裝成功
pip install pygraphviz
# 失敗！

看有的部落格有說安裝pip install graphviz libgraphviz-dev pkg-config等，發現真的沒用。

於是選擇方法二。

#方法二

#檢視graphviz
yum list 'graphviz*'
#安裝yum install 'graphviz*'
(結果發現要在root許可權下才可以)
yum********** graphviz.x86_64
#移動到好找到的檔案件，然後新增路徑並解壓
rpm2cpio graphviz-2.30.1-21.el7.x86_64.rpm |cpio -idvm
export path=/home/siqihuang/graphviz/usr/bin/
# 新增完路徑後不能忘記source ./.bashrc
# 後面開始安裝pygraphviz結果還是報錯，而且導致ls、ssh等命令也不能使用，不知道為什麼，要不退出環境然後再進來看一下吧。
# 進入python2環境後
conda install pygraphviz 
#--竟然可以使用了。

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