先說paml中文文件，paml是楊子恆院士寫的軟體，這個中文文件是bbsunchen根據網路資源整理的詳細文件。有paml使用的詳細步驟。
本書中文版由復旦大學翻譯，可以買，據說翻譯有點水，不過你要是沒牛到看英文很順暢，何必說人家水...
包含核苷酸置換和氨基酸置換模型、系統發育重建的常規方法及最大似然法與貝斯推斷法、分子鐘檢驗與物種分歧時間估計、適應性進化檢測以及分子進化模擬技術等章節，分子進化生物學是一門利用分子資料重建物種或基因間的進化關係並了解其進化過程與機制的學科，統計模型及演算法則是分子進化研究中的主要方**工具。
楊子恆的介紹：
楊子恆，2023年生於甘肅通渭，2023年畢業於甘肅農業大學，2023年獲北京農業大學博士學位。曾在甘肅農業大學和北京農業大學畜牧系工作以及英美等國從事博士後研究。2023年起在倫敦大學學院(university college london)生物系任教(1997-2023年任講師，2000-72023年任副教授，2023年後任教授)，2023年當選為英國皇家學會院士(fellow of the royal society)。
作為國際知名的統計進化生物學家，楊子恆博士一直致力於發展新的最大似然模型及電腦程式(paml)，2023年起在國際學術刊物發表**100餘篇；學術兼職包括genetics、moiecular biology and evolution、journal of molecular evolution和systematic biology等刊物副主編。
在生物資訊學這個領域，頂級的工作要麼是資料庫，要麼是軟體，我指的頂級，不是說雜誌影響因子的高低，而是指引用。比如，可以粗略劃分，>1萬次的算是頂級軟體，>1千次的算是一流軟體，>100次的是二流軟體，>10次的算是三流軟體，再少了就不入流了。要是幾年都沒有人引用，這個這個，只能說是純粹灌水了。
頂級軟體不多，比如blast, clustalw這種軟體，賺個幾萬次的引用那真是太小意思了，並且，由於這類軟體一般實在是太有名，n年前就被寫教科書裡了，所以很多人其實是不引的。一流軟體也不算多，比如mega, weblogo等等。這些軟體一般是細一點兒領域裡的主流工具，比如weblogo一般是用於序列分析這個小領域的，其他領域用的就不算那麼多。
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