使用Bioconda管理生信軟體

2021-09-05 10:35:48 字數 835 閱讀 5684

要介紹bioconda首先得介紹一下anaconda:

anaconda指的是乙個開源的python發行版本,而bioconda是anaconda中專門用來管理生物資訊學相關軟體的channel。目前,bioconda已經支援安裝2700多種生物資訊學相關的包。

bioconda的主頁

cd /mnt/h/workspace/biosoft/

wget

bash miniconda3-latest-linux-x86_64.sh

安裝完成後,重新登入或者source ~/.bashr,並將conda新增到環境變數path。

conda config --add channels r

conda config --add channels defaults

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels bioconda

conda config --add channels

conda config --add channels

conda config --add channels

4.使用bioconda管理生物資訊學軟體

安裝bwa,預設安裝最新版本

conda install bwa

conda search bwa

conda install bwa=0.7.12

conda list

conda update bwa

##解除安裝軟體

conda remove bwa 或者

conda unistall bwa

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