用grep 篩選fastq 序列

2021-09-07 04:11:01 字數 567 閱讀 7734

grep 從檔案中篩選出 包含指定的字元或者正規表示式的行;預設只列印匹配到的行,

比如乙個檔案 test.txt, 其內容為:

abcdef

ghijkl

grep a test.txt, 輸出內容為: 

abc 

指定了-a引數後可以輸出匹配行以及後面的幾行

grep -a 3 a  test.txt, 輸出內容為

abcdef

ghijkl

-f 引數可以指定乙個檔案, 其中檔案的每一行指定了需要匹配的內容, 比如

grep.txt ,內容為:ad

grep -f grep.txt test.txt , 輸出內容為

abcdef

今天遇到個問題,從fastq 檔案中根據seq id 進行篩選, 就可以結合上面的用法來完成, 首先將seq id 放到乙個seq.id.txt;

然後執行

grep -f seq.id.txt -a 3 test.fq 

即可輸出結果,而且如果seq id 有重複,也只會輸出一次。需要注意的就是每乙個seq id 必須能夠唯一標識一行。

Linux 使用grep篩選多個條件

grep 同時滿足多個關鍵字和滿足任意關鍵字 grep e word1 word2 word3 file.txt 滿足任意條件 word1 word2和word3之一 將匹配。grep word1 file.txt grep word2 grep word3 必須同時滿足三個條件 word1 wor...

jquery中的陣列過濾篩選 grep

jquery中有個grep 方法用於陣列元素過濾篩選,悲劇的是,平時我們用的api文件中找不到這個說明。檢視官方說明 grep 的使用方法 grep array,callback,invert 解釋完grep 的用法,現在來舉個小例子 var arr grep 0,1,2,3,4,5,6 funct...

jquery中的陣列過濾篩選 grep

jquery中的陣列過濾篩選 grep web前端開發 專注前端開發,關注使用者體驗 jquery中有個grep 方法用於陣列元素過濾篩選,悲劇的是,平時我們用的api文件中找不到這個說明。檢視官方說明 grep 的使用方法 grep array,callback,invert 解釋完grep 的用...