cuffquant 定量的結果全部為 nan

2021-09-07 14:40:38 字數 356 閱讀 5133

cuffquant 定量的過程中,當所有基因或者轉錄本的表達量都為0時,定量的結果就回全部是-nan  , 而不是0;

出現這種情況有兩種原因:

1) 參考基因組搞錯了,比對和定量的不是同乙個參考基因組,或者gtf 檔案和fasta 檔案中染色體識別符號對應不上,最常見的情況就是,乙個以chr開頭,乙個不帶chr;

2) 確實是0,就是說比對滅有問題,就是沒有比對上基因區間;當然這種概率非常小,如果遇到,只能說是小確幸;

值得高興的是,今天我就遇到了這種情況,同一批樣本,其中乙個樣本基因的表達量全部為-nan, 找了好久的原因,以為自己**搞錯了,原來就是這麼的巧合,這種極端情況都會遇見

真是屋漏偏逢連夜雨,還是梅雨!!!

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