分子動力學模擬 VMD多分子處理及指令碼（2）

file>new molecule >browse>name.pdb>load

將工作目錄指定到正確的路徑

cd 目錄

mol new name.pdb

在main視窗選中psf 然後右鍵，選擇load data to the molecule

出現乙個被水分子包圍的蛋白結構。

操作如前所示

set crystal [atomselect top 「all」 ]

此時變數crystal代表的是所有原子

因此$crystal ** 代表的是對crystal執行操作

$crystal set beta 0

1、選擇原子

set atomsel1 [atomselect 0

"alpha"
]set atomsel2 [atomselect 1
"alpha"
]ste m [measure fit $atomselect0 $atomselect1]

$crystal move $m

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