分子動力學程式設計建模能量出現nan,總是出錯

2021-10-11 14:34:54 字數 907 閱讀 7178

最近在程式設計建模的時候出現了乙個bug,執行的時候能量很大

yhrun: error: cn13595: tasks 1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,21,23: segmentation fault

yhrun: first task exited 60s ago

yhrun: tasks 0,2,4,6,8,10,12,14,16,18,20,22: running

yhrun: tasks 1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,21,23: exited abnormally

yhrun: terminating job step 4215460.0

slurmd[cn13595]: *** step 4215460.0 killed at 2020-12-05t23:02:35 with signal 9 ***

yhrun: job step aborted: waiting up to 2 seconds for job step to finish.

slurmd[cn13595]: *** step 4215460.0 killed at 2020-12-05t23:02:35 with signal 9 ***

yhrun: error: cn13595: tasks 0,2,4,6,8,10,12,14,16,18,20,22: killed

經過漫長的煎熬,我找到了原因。

模型宣告原子數多於實際原子數,導致幾十個原子重疊,能量**!!!!!

所以建模的時候要小心小心再小心,細緻細緻再細緻。

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