高通量測序中常見名詞解釋

2021-10-01 10:55:25 字數 570 閱讀 7003

m 常用於描述reads 的數量。 例如 10m 就是 10 *10^6 條reads

g 常用於描述這一批次測序共有的鹼基數量。 例如 10g 就是10*10^9個鹼基

比如說對於3g測序量的理解:

3g指有 5*10^9 個鹼基,假如採取illumia的pe150測序,即150bp雙端測序,算有多少m測序量的公式為 3*10^9 / 150 / 2 =10 m

測序深度 = 測序得到的鹼基總個數 / 參考基因組大小

比如說對於30g測序量的人類基因組測序深度是多少?(人類參考基因組3g)

測序深度 = 30*10^9 / 3*10^9 =10x

測序獲得的序列佔整個基因組的比例

測序深度

覆蓋率snp檢出率

研究目的

6-10x

90%-99%

70%-90%

群體結構,群體選擇分析等等

30x99.9%-100%

95%-99%

個體基因組資訊

50x99.9%-100%

>99%

bsa、癌細胞樣本測序、關心突變頻率的研究型別

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