STAR建索引記憶體不夠

2021-10-01 14:41:44 字數 658 閱讀 9988

star建索引記憶體不夠,我們伺服器100多g的記憶體居然不夠,這是什麼鬼,star版本star-2.5.2b。調整你的limitgenomegenerateram引數就可以了。

star

--runthreadn 40

--runmode genomegenerate

--genomedir ./star_index

--genomefastafiles grch38.p13.genome.fa

--sjdbgtffile gencode.v32.annotation.gtf

--sjdbgtffeatureexon exon

--sjdbgtftagexonparenttranscript transcript_id #預設為transcript_id

--sjdboverhang 74

--limitgenomegenerateram 160007489408

star建索引特別吃記憶體,能把你伺服器記憶體吃光,然後給你報錯。此時你就要根據你的記憶體設定limitgenomegenerateram引數,此處設定比所需記憶體高一點點,如果低於所需記憶體也會報錯。另外執行緒數可以設定高一點,2個執行緒我跑了兩天多沒跑出來,40個執行緒只要乙個小時左右,記憶體消耗會因為執行緒數變多而增加,不過不用擔心,並不會成倍增加,40個執行緒記憶體消耗也就增加了10%。

mysql 建索引刪除索引命令

建立和刪除索引 索引的建立可以在create table語句中進行,也可以單獨用create index或alter table來給表增加索引。刪除索引可以利用alter table或drop index語句來實現。1 使用alter table語句建立索引。語法如下 alter table tab...

sqlserver 怎麼建索引

最近做專案遇到了一些資料庫查詢效能問題,資料較多的時候,載入很慢,就試著想辦法優化。但是什麼字段應該建索引那些不該呢?工具 原料 sqlserver2008 方法 步驟 表的主關鍵字自動建立唯一索引 select from ad meter sqlserver 怎麼建索引 直接條件查詢的字段 ad ...

建索引的利與弊

上次去用友面試,面試官問我平時給資料庫加索引 索引有什麼利,有什麼弊,當時我不知道怎麼說,我只知道好處,今天就總結了下,希望對大家面試有所幫助 索引的優點 1.建立唯一性索引,保證資料庫表中每一行資料的唯一性 2.大大加快資料的檢索速度,這也是建立索引的最主要的原因 3.加速表和表之間的連線,特別是...