PCA主成分分析對資料進行降維

2021-10-02 21:02:27 字數 4396 閱讀 8377

主成分分析(

principal component analysis

,pca

),是一種統計方法。通過正交變換將一組可能存在相關性的變數轉換為一組線性不相關的變數,轉換後的這組變數叫主成分。

在實際課題中,為了全面分析問題,往往提出很多與此有關的變數(或因素),因為每個變數都在不同程度上反映這個課題的某些資訊。

主成分分析首先是由

k.皮爾森(

karl pearson

)對非隨機變數引入的,爾後

h.霍特林將此方法推廣到隨機向量的情形。資訊的大小通常用離差平方和或方差來衡量。

# -*- coding: utf-8 -*-

import numpy as np

from matplotlib import pyplot as plt

from scipy import io as spio

from sklearn.decomposition import pca

'''主成分分析_2維資料降維1維演示函式

'''def pca_2d():

data_2d = spio.loadmat("data.mat")

x = data_2d['x']

m = x.shape[0]

plt = plot_data_2d(x, 'bo') # 顯示二維的資料

plt.show()

x_copy = x.copy()

x_norm, mu, sigma = featurenormalize(x_copy) # 歸一化資料

# plot_data_2d(x_norm) # 顯示歸一化後的資料

# plt.show()

sigma = np.dot(np.transpose(x_norm), x_norm) / m # 求sigma

u, s, v = np.linalg.svd(sigma) # 求sigma的奇異值分解

plt = plot_data_2d(x, 'bo') # 顯示原本資料

drawline(plt, mu, mu + s[0] * (u[:, 0]), 'r-') # 線,為投影的方向

plt.axis('square')

plt.show()

k = 1 # 定義降維多少維(本來是2維的,這裡降維1維)

'''投影之後資料(降維之後)'''

z = projectdata(x_norm, u, k) # 投影

'''恢復資料'''

x_rec = recoverdata(z, u, k) # 恢復

'''作圖-----原資料與恢復的資料'''

plt = plot_data_2d(x_norm, 'bo')

plot_data_2d(x_rec, 'ro')

for i in range(x_norm.shape[0]):

drawline(plt, x_norm[i, :], x_rec[i, :], '--k')

plt.axis('square')

plt.show()

'''主成分分析_pca影象資料降維'''

def pca_faceimage():

print(u'載入影象資料.....')

data_image = spio.loadmat('data_faces.mat')

x = data_image['x']

display_imagedata(x[0:100, :])

m = x.shape[0] # 資料條數

print(u'執行pca....')

x_norm, mu, sigma = featurenormalize(x) # 歸一化

sigma = np.dot(np.transpose(x_norm), x_norm) / m # 求sigma

u, s, v = np.linalg.svd(sigma) # 奇異值分解

display_imagedata(np.transpose(u[:, 0:36])) # 顯示u的資料

print(u'對face資料降維.....')

k = 100 # 降維100維(原先是32*32=1024維的)

z = projectdata(x_norm, u, k)

print(u'投影之後z向量的大小:%d %d' % z.shape)

print(u'顯示降維之後的資料......')

x_rec = recoverdata(z, u, k) # 恢復資料

display_imagedata(x_rec[0:100, :])

# 視覺化二維資料

def plot_data_2d(x, marker):

plt.plot(x[:, 0], x[:, 1], marker)

return plt

# 歸一化資料

def featurenormalize(x):

'''(每乙個資料-當前列的均值)/當前列的標準差'''

n = x.shape[1]

mu = np.zeros((1, n));

sigma = np.zeros((1, n))

mu = np.mean(x, axis=0) # axis=0表示列

sigma = np.std(x, axis=0)

for i in range(n):

x[:, i] = (x[:, i] - mu[i]) / sigma[i]

return x, mu, sigma

# 對映資料

def projectdata(x_norm, u, k):

z = np.zeros((x_norm.shape[0], k))

u_reduce = u[:, 0:k] # 取前k個

z = np.dot(x_norm, u_reduce)

return z

# 畫一條線

def drawline(plt, p1, p2, line_type):

plt.plot(np.array([p1[0], p2[0]]), np.array([p1[1], p2[1]]), line_type)

# 恢復資料

def recoverdata(z, u, k):

x_rec = np.zeros((z.shape[0], u.shape[0]))

u_recude = u[:, 0:k]

x_rec = np.dot(z, np.transpose(u_recude)) # 還原資料(近似)

return x_rec

# 顯示

def display_imagedata(imgdata):

sum = 0

'''顯示100個數(若是乙個乙個繪製將會非常慢,可以將要畫的整理好,放到乙個矩陣中,顯示這個矩陣即可)

- 初始化乙個二維陣列

- 將每行的資料調整成影象的矩陣,放進二維陣列

- 顯示即可

'''m, n = imgdata.shape

width = np.int32(np.round(np.sqrt(n)))

height = np.int32(n / width);

rows_count = np.int32(np.floor(np.sqrt(m)))

cols_count = np.int32(np.ceil(m / rows_count))

pad = 1

display_array = -np.ones((pad + rows_count * (height + pad), pad + cols_count * (width + pad)))

for i in range(rows_count):

for j in range(cols_count):

max_val = np.max(np.abs(imgdata[sum, :]))

display_array[pad + i * (height + pad):pad + i * (height + pad) + height,

pad + j * (width + pad):pad + j * (width + pad) + width] = imgdata[sum, :].reshape(height, width,

order="f") / max_val # order=f指定以列優先,在matlab中是這樣的,python中需要指定,預設以行

sum += 1

plt.imshow(display_array, cmap='gray') # 顯示灰度影象

plt.axis('off')

plt.show()

if __name__ == "__main__":

pca_2d()

pca_faceimage()

PCA主成分分析(降維)

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