RDKit 分子修改與編輯

2021-10-06 10:34:32 字數 4513 閱讀 6098

二、高階篇

正常情況下,分子在rdkit中儲存時,氫以隱式氫的形式儲存,即不會在中顯示出來。當需要加入氫原子時,例如要生成和優化立體結構,可以通過函式加上氫原子。

>>

>

from rdkit import chem

>>

> m = chem.molfromsmiles(

'cco'

)>>

>

print

(m.getnumatoms())

3>>

> m2 = chem.addhs(m)

>>

>

print

(m2.getnumatoms())

9>>

> m2 = chem.removehs(m2)

>>

>

print

(m2.getnumatoms())

3

>>

> m = chem.molfromsmiles(

'c1ccccc1'

)>>

>

print

(m.getbondwithidx(0)

.getbondtype())

aromatic

>>

> chem.kekulize(m)

>>

>

print

(m.getbondwithidx(0)

.getbondtype())

double

>>

>

print

(m.getbondwithidx(1)

.getbondtype())

single

轉化後,型別中雖然變為單鍵和雙鍵,但依然是芳香鍵

>>

>

print

(m.getbondwithidx(1)

.getisaromatic())

true

>>

> chem.kekulize(m, cleararomaticflags=

true

)>>

>

print

(m.getbondwithidx(0)

.getbondtype())

double

>>

>

print

(m.getbondwithidx(1)

.getisaromatic())

false

>>

> chem.sanitizemol(m)

>>

>

print

(m.getbondwithidx(0)

.getbondtype())

aromatic

在rdkit的atom物件中也提供了一系列功能,可以對分子進行原位編輯。

bond物件類似

不挨個說明了,感興趣可以試試各個函式及相關引數,舉幾個可能會遇到的例子

更複雜的操作可以使用rdkit.chem.rdchem.rwmol類(用於分子讀寫的類)。這個類在修改分子方面,效能更好,它可以提供乙個「活動的」分子,並且共享了mol物件的操作介面。修改完畢後,只需要用getmol()就可以獲得最終的分子

本文參考自rdkit官方文件。

**及原始檔在這裡。

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