rdkit 修改分子

三、芳香共軛鍵和庫里單雙鍵

#! /usr/bin/python

# coding: utf-8
# rdkit 修改分子
from rdkit import chem
from rdkit.chem import draw

mol = chem.molfromsmiles(

'oc1c2c1cc2'
)# 畫分子結構
)

將氫新增到分子圖上

rdkit.chem.rdmolops.addhs(

(mol)mol # 要修飾的分子[,
(bool
) explicitonly =
false
# （可選）如果設定了此切換，則僅將顯式hs新增到分子中。預設值為0（新增隱式和顯式hs）。[,
(bool
) addcoords =
false
# (可選) 如果設定了此開關，則hs將設定3d座標。預設值為0（無3d座標）。[,
(atompairsparameters) onlyonatoms =
none
# （可選）如果提供了此序列，則僅將這些原子視為具有新增的hs[,
(bool
)addresidueinfo =
false
# （可選）如果為true，則將殘基資訊新增到氫原子（對pdb檔案有用）。]]]])

注：3d構象優化的時候，需要採用顯式h原子

mol2 = chem.addhs(mol)

# 畫分子結構

從分子圖中除去所有氫。

rdkit.chem.rdmolops.removehs(

(mol)mol # 要修飾的分子
[，（bool）implicitonly =
false
# hiddenonly ：（可選）如果設定了此切換，則只會從圖中刪除隱式hs。預設值為0（刪除隱式和顯式hs）。
[，（bool）updateexplicitcount =
false
#（可選）如果設定了此切換，則將更新具有hs的原子的顯式h計數。預設值為0（不更新顯式h計數）。
[，（bool）sanitize =
true
# （可選）如果設定了此切換開關，則去除hs後將對分子進行消毒。預設值為1（進行消毒）。]]
])

筆記：

未與重原子連線的氫將不會被去除。這樣可防止分子[h] [h]除去所有原子。

標記的氫（例如原子序數= 1，但同位素》 1的原子）將不會被去除。

兩個座標hs，例如c [h-] c中的中心h，將不會被刪除

連線到虛擬原子的hs將不會被移除

屬於雙鍵立體化學定義的hs將不會被移除

未連線到其他任何物件的hs將不會被刪除

mol3 = chem.removehs(mol2)

print
('mol3 smiles:'
, chem.moltosmiles(mol3)
)# mol3 smiles: oc1c2ccc12
print
('num atoms in mol3:'
, mol3.getnumatoms())
# num atoms in mol3: 6

rdkit 預設把芳香體系的鍵的型別識別為芳香鍵。

# 以苯為例

mol4 = chem.molfromsmiles(
'c1ccccc1'
)# 畫分子結構
鍵型別
for bond in mol4.getbonds():

print
(bond.getbondtype())
# aromatic
# aromatic
# aromatic
# aromatic
# aromatic
# aromatic
chem.kekulize(mol4)

# 畫分子結構
RDKit 分子修改與編輯
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