rdkit 子結構搜尋

三、smarts

#! /usr/bin/python

# coding: utf-8
# rdkit 子結構搜尋
from rdkit import chem

子結構搜尋可以通過smarts匹配符完成。

匹配模式：支援chem.molfromsmarts() 和 chem.molfromsmiles() 兩種形式。 smarts的表現形式更加豐富。

mol = chem.molfromsmiles(

'c1ccccc1oc'
)patt = chem.molfromsmarts(
'oc'
)flag = mol.hassubstructmatch(patt)
if flag:
print
('分子中包含基團 -och3'
)else
:print
('分子中不包含基團 -och3'
)# 分子中包含基團 -och3

m = chem.molfromsmiles(

'c1ccccc1oc'
)patt = chem.molfromsmarts(
'oc'
)flag = m.hassubstructmatch(patt)
if flag:
atomids = m.getsubstructmatch(patt)
print
("匹配到的原子id:"
,atomids)
else
:print
("分子中不包含基團 -och3"
)# 匹配到的原子id: (6, 7)

m = chem.molfromsmiles(

'c1ccc(oc)cc1oc'
)patt = chem.molfromsmarts(
'oc'
)flag = m.hassubstructmatch(patt)
if flag:
atomids = m.getsubstructmatches(patt)
print
("匹配到的原子id:"
,atomids)
else
:print
('分子中不包含基團 -och3'
)# 匹配到的原子id: ((4, 5), (8, 9))

不考慮手性的時候，有手性的分子可以匹配無手性的模式和錯誤手性的模式

無手性資訊的分子不能匹配有手性的模式。

m = chem.molfromsmiles(

'cc[c@h](f)cl'
)print
(m.hassubstructmatch(chem.molfromsmiles(
'c[c@h](f)cl'))
)print
(m.hassubstructmatch(chem.molfromsmiles(
'c[c@@h](f)cl'))
)print
(m.hassubstructmatch(chem.molfromsmiles(
'cc(f)cl'))
)# true
# true
# true

m = chem.molfromsmiles(

'cc[c@h](f)cl'
)print
(m.hassubstructmatch(chem.molfromsmiles(
'c[c@h](f)cl'
), usechirality=
true))
print
(m.hassubstructmatch(chem.molfromsmiles(
'c[c@@h](f)cl'
), usechirality=
true))
print
(m.hassubstructmatch(chem.molfromsmiles(
'cc(f)cl'
), usechirality=
true))
# true
# false
# true

c c 大寫小寫c是不一樣的，大寫代表脂肪碳；小寫代表芳香碳

冒號後面的數字為atom map id

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