【注：筆記於2023年10月6日記錄在onenote裡的，現在把它們遷移到csdn裡。】
1.配置環境：ubuntu18.04
3.解壓到本地桌面
4.通過xftp在 /usr/local/ 目錄下新建資料夾 blast
5.通過xftp將解壓後的安裝包拷貝到blast目錄下
6.新增環境變數：
（1）通過xshell開啟終端，切換為root使用者，執行 vim /etc/profile 開啟編輯檔案，在末尾新增：
export path=/usr/local/blast/bin:$path
儲存退出。若此處執行成功，執行blastn -version會出現版本資訊。
（2）若不成功，切換到根目錄，執行vim /etc/environment ，在末尾新增:
:/usr/local/blast/bin
儲存退出，在執行一遍 blastn -version。
7.準備裝各種資料庫的資料夾：
（1） 在目錄/usr/local/blast/下新建乙個乙個資料夾命名為db；
（2）在 /usr/local下新建乙個檔案，命名為.ncbir（注：檔名是以點開頭的）。
（3）切換到/usr/local下，執行vim .ncbir，在檔案中新增如下內容：
[blast]
blastdb=/usr/local/blast/db
8.fasta格式的資料庫：
檔案很大！很大！很大！解壓之後更大！更大！更大！）
9. 建立blast+可用的資料庫:
開啟終端（terminal），切換到/usr/local/blast/db目錄下：
（1）執行下面的命令（以蛋白質庫nr為例）安裝nr庫：
makeblastdb –in nr -parse_seqids -hash_index -dbtype prot
注：若要安裝nt庫，就將nr改為nt
makeblastdb –in ./uniprot_sprot.fasta -parse_seqids -hash_index -dbtype prot
10. 使用程式，如使用psiblast：
在目錄/usr/local/blast/下新建3個資料夾，分別命名為pssm,input,output
設待查詢序列所在檔案的名字為a.fasta（乙個檔案放一條序列，且必須為fasta格式）
執行命令：
psiblast -comp_based_stats 1 -evalue 0.001 -num_iterations 3 -db swissprot -query input/a.fasta -out output/a.txt -out_ascii_pssm pssm/a.pssm
注：/表示的路徑，根據自己所安裝的資料所在位置填寫，不是固定的
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