目的與任務：了解fastq測序資料
作業：理解測序reads，gc含量，質量值，接頭，index，fastqc的全部報告，搜尋中文教程，併發在論壇上面
sra檔案轉換為fastq檔案
2.檢視本地幫助
從開啟的頁面中我們能大概了解到fastq-dump命令的基本用法。然後我在本地的centos上又執行了幫助命令來檢視本地版的命令說明。
fastq-dump -h #顯示幫助
顯然，本地的幫助說明更詳細一點。
先看用法：「fastq-dump [各種引數] 」其中，[各種引數]在幫助中有詳細介紹，根據博主@徐洲更以及@沈夢圓的文章介紹,我們常用到的引數主要是以下兩部分的：
*關於輸出：
-o 指定輸出路徑
--gzip 指定輸出格式為gzip壓縮格式(fastqc軟體可以直接識別gzip壓縮的檔案)
--bzip2 指定輸出格式為bzip2壓縮格式
*多個檔案引數
--split-3 如果是雙端測序資料，則輸出兩個檔案，如果不是則只輸出乙個檔案。
明白了fastq-dump的常用引數，我們就得到了轉換sra檔案的套路：
fastq-dump --gzip --split-3 -o path -a accession
for i in `seq 56 62`
dofastq-dump --gzip --split-3 -o ./fastq/ -a srr35899$.sra
done
以上命令在vim中編輯，儲存為.s**件後，通過bash執行，注意seq前的撇不是單引號。
3.檢視轉換結果
轉換後生成一系列以.sra_1.fastq.gz以及.sra_2.fastq.gz結尾的壓縮檔案。
fastqc檢測測序檔案質量
1.多個檔案批量進行qc
進入轉換後fastq.gz檔案所在的檔案中，用以下命令生成批量執行的指令碼
ls ./*fastq.gz | xargs -i echo fastqc -o ./fastqc_result --nogroup {} \& > fastqc.sh
執行結果會生成乙個名稱為fastqc.sh的指令碼，執行該指令碼即可對當前資料夾下的fastq.gz檔案進行qc。
bash fastqc.sh
2.檢視qc結果
2.1單獨檢視
關於單獨的qc結果檔案，大家可以看我以前的幾個入門帖子了解基本知識。
2.2multiqc彙總檢視
multiqc是一款批量檢視qc結果的軟體，大大節省了我們開啟多個qc結果檔案的時間，具體使用方式可以檢視我的知乎專欄上的介紹：
3.fastqc報告中哪些是值得關注的？
1).basic statistics
2).per base sequence quality
3).per base sequcence content
4).adaptor content
5).sequence duplication levels
主要的幾個指標是gc含量，q20和q30的比例以及是否存在接頭(adaptor)、index以及其他物種序列的汙染等。
1.基因課課程《測序資料過濾與質控》(
4.孟浩巍知乎專欄文章《20160410測序分析-使用fastqc做質控》
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