批量給檔案重新命名

linux下檔案重新命名可以通過兩個命令完成mv和rename。

mv: 直接執行可以進行單個檔案的重新命名，如 mv old_name.txt new_name.txt

rename: 預設支援單個檔案或有固定規律的一組檔案的批量重新命名，比如：

touch ysx_a_1.fq.gz ysx_a_2.fq.gz ysx_b_2.fq.gz ysx_b_1.fq.gz

把檔名中的易生信(ysx)改為易漢博 (ehbio)

#rename '被替換文字' '要替換成的文字' 操作物件

rename 'ysx' 'ehbio' *.gz

ehbio_a_1.fq.gz ehbio_a_2.fq.gz ehbio_b_1.fq.gz ehbio_b_2.fq.gz

再比如：

rename 'fq' 'fastq' *.gz

ehbio_a_1.fastq.gz ehbio_a_2.fastq.gz ehbio_b_1.fastq.gz ehbio_b_2.fastq.gz

在centos都是上面的語法 rename old new file_list

在ubuntu都是下面的語法 rename s/old/new/ file_list

man rename檢視其具體使用方法

但有時，需要重新命名的檔案不像上面那樣有很清晰的模式，直接可以替換，需要多幾步處理獲得對應關係。

假如已經有對應關係

使用mv

檔案：name.map.txt ehbio_a_1.fastq.gz ehbio_a_2.fastq.gz ehbio_b_1.fastq.gz ehbio_b_2.fastq.gz

對應關係：cat name.map.txt儲存到檔案裡

a control

b treatment

awk '' name.map.txt > rename.sh

執行**bash rename.sh

使用rename

awk '' name.map.txt

注意：重新命名兩側加下劃線, 這也是我們做匹配時常需要注意的，盡量限制讓匹配更準確。否則，fastq中的a也會被替換掉。

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