2020 4 30學習記錄

2022-05-09 03:27:07 字數 2143 閱讀 4207

在安裝r包時遇到了上面的問題,但是後來一下這個問題又變成了:

這個介紹了不少從github安裝r包的方法,還是出現問題。

出現下面的問題:

這裡遇到了差不多的問題,但是解答說install_exiftool()可以從zip安裝r包?但是我並沒有搜到這個函式啊。。。

這裡遇到的問題不是curl_download,試了:

> httr::get("

")response

date: 2020-04-30 01:41status: 200content-type: image/jpeg

size: 16kb

下面是ok的,試一下這個**:

> httr::get("

")response

date: 2020-04-30 01:42status: 200content-type: text/html; charset=utf-8size: 87kb"en

">

"utf-8

">...

也是ok的。

這裡提到增加timeout,但是我到處也沒搜到怎麼在win上增加時間,有的都是在linux上。

這裡它還有乙個.tar.gz檔案,這個是編譯過之後的r檔案嗎?

但是我在**上看了這個包,明明是有描述檔案的啊!

根據這裡的辦法,sys.setenv("tar" = "internal"),解決了上面的問題,又出現了下面:

居然神奇地可以了???也不知道是為什麼,不超時了。。

但是由於缺少了這兩個依賴包,

所以現在安一下,因為描述檔案裡有imports這兩個包。

安裝成功了,可以library進來。。終於。。。如果遇到r版本的問題:

> install.packages("

/home/name/pcareduce_1.0.tar.gz",

+ repos =null,

+ type = "

source

")

這樣的安裝就ok的。

首先是三個要求的bed欄位

1,chrom, 染色體或scafflold 的名字(eg chr3, chry, chr2_random, scaffold0671 )

2,chromstart 染色體和scaffold的起始位置,第乙個染色體的位置是0

3,chromen 染色體和scaffold的結束位置,染色體的末端位置沒有包含到顯示資訊裡面。例如,首先得100個鹼基的染色體定義為chromstart =0 . chromend=100, 鹼基的數目是0-99

也就是說它和peak是有差別的,

建立矩陣:

matrix()的原型為:matrix(data=na, nrow=1, ncol = 1, byrow=false, dimnames=null)

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