python 正則匹配行開頭為 的行

因為fasta檔案格式通常為

>name1

atgatagtgtctgtagctgactgt

agtgctgtagatagctagctagtc

>name2

agtcgatcgtagtagctagctagc

agtcgatgctagctagctacgaaa

需要識別每次以'>'開頭的行來區分每段編碼達到處理單條序列的目的，因此需要使用正規表示式來識別每次的名字行

1.規規矩矩的寫法

import

refor line in open("
aa.fasta"):
line = line.strip('\n'
) regex = re.compile('
^>') 
m =re.match(regex,line)
if m is
notnone:
print line

輸出為所有開頭為'>'的行

2.可以把regex那行省略

import

refor line in open("
aa.fasta"):
line = line.strip('\n'
) m = re.match('
^>
',line)
if m is
notnone:
print line

3.還可以把m省略

import

refor line in open("
aa.fasta"):
line = line.strip('\n'
) 
if re.match('
^>
',line) is
notnone:
print line

以上三種輸出結果相同，都是輸出以'>'開頭的名字那行。

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