一、軟體配置
curl -o
tar zxvf ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz
echo 'export path=$path:~/src/ncbi-blast-2.6.0+/bin' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
二、序列比對
序列比對，顧名思義需要參考序列庫，以及需要的目的基因
1、建立參考資料庫
核酸庫：
makeblastdb -in km233118.fa -dbtype nucl
蛋白庫：
makeblastdb -in km233118.fa -dbtype prot
另一種建庫方式：
makeblastdb -in km233118.fa -dbtype nucl -parse_seqidsmakeblastdb -in km233118.fa -dbtype prot -parse_seqids #多加的引數好像會多生成幾個檔案，但是具體作用不清楚
2、序列比對：
blastn -db km233118.fa -query query.fa -outfmt 6 (核酸序列比對核酸庫)
3、序列比對的常見型別：
blastp:蛋白序列-———蛋白庫
blastx：核酸序列————蛋白庫（6中讀碼框）
blastn：核酸序列————核酸庫
tblastn：蛋白序列————核酸庫
tblastx：核酸序列——核酸庫，二者在蛋白質水平上的比對
本地BLAST的使用
psi blast psi blast是由blastpgp命令實現的，它的大部分引數是與blastall一致的，只有少數與迭代檢索相關的選項是特別的 j 最大迭代檢索的次數，預設值1，即等同與在blastall中所使用blastp程式 h 在每輪檢索後構建新的打分矩陣時所選擇的序列的期望值 e va...
blast 簡單使用
可以用conda安裝 收集mask資訊 為了遮蔽簡單重複序列的干擾，需要收集mask資訊。核酸序列 演算法有windomasker和dustmasker兩種。此處用的是dustmasker.dustmasker in genome.fasta infmt fasta parse seqids out...
本地BLAST使用手冊
因為畢設需要用到blastn做本地序列比對，參考部落格所寫的教程和本人的使用經歷，寫這篇部落格 wget tar zxvf ncbi blast 2.11.0 x64 linux.tar.gz blast軟體 vim bash rc 新增上export path ncbi download dir ...