blast 安裝及簡單使用

2022-06-23 21:21:08 字數 1285 閱讀 8183

wget 

tar zxvf ncbi-blast+-2.9.0-src.tar.gz

cd ncbi-blast+-2.9.0-src

./configure

make

make install

blast+的一般用法如下:

格式化資料庫

makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname
引數說明:

-in:待格式化的序列檔案

-dbtype:資料庫型別,prot或nucl

-out:資料庫名

蛋白序列比對蛋白資料庫(blastp)

blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
引數說明:

-query: 輸入檔案路徑及檔名

-out:輸出檔案路徑及檔名

-db:格式化了的資料庫路徑及資料庫名

-outfmt:輸出檔案格式,總共有12種格式,6是tabular格式對應blast的m8格式

-evalue:設定輸出結果的e-value值

-num_descriptions:tabular格式輸出結果的條數

-num_threads:執行緒數

核酸序列比對核酸資料庫(blastn)以及核酸序列比對蛋白資料庫(blastx)

與上面的blastp用法類似:

blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

參考bgi引數,結果以xml格式輸出時,只輸出了5條比對結果

blastx  -evalue 1e-5  -num_threads  8 -db animal.fa -query all-unigene.fa.9 -out all-unigene.fa.9.blast.nr -outfmt 5 -max_target_seqs 5