blast 安裝及簡單使用

wget 

tar zxvf ncbi-blast+-2.9.0-src.tar.gz
cd ncbi-blast+-2.9.0-src
./configure
make
make install

格式化資料庫

makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname

-in：待格式化的序列檔案

-dbtype：資料庫型別，prot或nucl

-out：資料庫名

蛋白序列比對蛋白資料庫（blastp）

blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

-query： 輸入檔案路徑及檔名

-out：輸出檔案路徑及檔名

-db：格式化了的資料庫路徑及資料庫名

-outfmt：輸出檔案格式，總共有12種格式，6是tabular格式對應blast的m8格式

-evalue：設定輸出結果的e-value值

-num_descriptions：tabular格式輸出結果的條數

-num_threads：執行緒數

核酸序列比對核酸資料庫（blastn）以及核酸序列比對蛋白資料庫（blastx）

與上面的blastp用法類似：

blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

blastx  -evalue 1e-5  -num_threads  8 -db animal.fa -query all-unigene.fa.9 -out all-unigene.fa.9.blast.nr -outfmt 5 -max_target_seqs 5

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