ggplot2畫簡單的heatmap

gg_heatmap

perl

偶然的機會，發現ggplot2畫的heatmap也挺好看的，除了不能畫出聚類樹來(手動滑稽)。 隨意新建了兩個矩陣，並且計算對應的相關係數。

x <- matrix(sample(1:1000, 100), ncol = 10)

y <- matrix(sample(1:1000, 100), ncol = 10)
cor_score <- cor(t(x), t(y))
plot_df <- data.frame(
x = rep(1:10, 10),
y =rep(1:10, rep(10,10)),
value = as.vector(cor_score)
)

ggplot(data = plot_df, aes(x,y)) +

geom_tile(aes(fill = value)) +
scale_fill_continuous(low = "#00ff00", high = "#ff0000") +
scale_x_continuous(breaks = 1:10, labels = paste("sample", 1:10, sep = "_"))+
scale_y_continuous(breaks = 1:10, labels = paste("gene", 1:10, sep = "_"))+
theme_bw() +
theme(
axis.ticks = element_blank(),
panel.grid = element_blank(),
panel.border = element_blank(),
axis.title = element_blank(),
axis.text.x = element_text(angle = 90)
)

text <- paste("gene", 1:10, sep = "_")

one_cir_ang = 360/nrow(x)
right_text_ang <- -(seq(one_cir_ang/2, (180 - one_cir_ang/2), by = one_cir_ang))
right_text_ang[which(right_text_ang < -90)] <- 180 + right_text_ang[which(right_text_ang < -90)]
left_text_ang <- right_text_ang
text_ang = c(right_text_ang, left_text_ang)

ggplot(data = plot_df, aes(x,y)) +

geom_tile(aes(fill = value)) +
geom_text(
aes(x = x, y = y,label = text, angle = text_ang),
data = data.frame(x = 1:10, y = 12, text, text_ang),
) +scale_fill_continuous(low = "#00ff00", high = "#ff0000") +
scale_y_discrete(breaks = 1:10, labels = paste("gene", 1:10, sep = "_"))+
coord_polar(theta = "x") +
theme_bw() +
theme(
axis.ticks = element_blank(),
panel.grid = element_blank(),
panel.border = element_blank(),
axis.title = element_blank(),
axis.text = element_blank()
)

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