**:下面回到reads的飽和度分析方面。我以自己乙個實際研究的課題來簡單介紹一下我的方法。我做的是細菌的轉錄組。測序完之後，資料處理的基本流程
1）對低質量的reads進行過濾
我的研究中採用的是非鏈特異性測序，single-end的reads，reads讀長81bp。一般測序的reads中，每條read後面的一些鹼基可能會測得比較差（從測序的reads質量報告圖上可以觀察得到）。所以做轉錄組研究中可以把後面那些質量差的截掉。
設定的過濾條件：
read前20bp無n（這一條可以考慮不要）
整條read中質量值低於20的鹼基不超過20%
整條read中質量值低於13的鹼基不超過10%
整條read的鹼基平均值不小於20
對於不滿足條件的reads，採取的辦法就是不斷去掉最後乙個鹼基；去掉之後分析剩下前n-1bp的鹼基分析，利用上面的條件進行篩選，如還是不滿足繼續截斷，然後對剩下n-2bp分析，由此下去，當最後長度小於50bp的時候，如果還不滿足條件的話，直接把該條reads丟掉，然後分析下一條reads。
3）飽和度評估
轉錄組資料飽和度評估方法
補充一：
如何計算reads覆蓋的基因數？
HSL（色調，飽和度，亮度）
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