R 從表達資料中調出我們要的基因的表達值

2021-07-16 15:09:26 字數 685 閱讀 3662

a是我們測序的資料檔案,裡面有幾萬個基因的表達之,怎麼調出我們想要的檔案呢

載入b檔案,b檔案的第一列是我們的基因id

在r裡面鍵入

exp_b <- a[as.character(b[,1]),]

解釋: 這裡a檔案的行名是基因的id,我們調出b檔案的第一列,用

as.character
將其變為字元,作為調取表達值時的的行名

輸出結果,

鍵入

write.table(exp_b,"i:/exp_b.txt",sep = "\t")
將該資料儲存在i盤,名命為
exp_b.txt

write.table (x, file ="", sep ="", row.names =true, col.names =true, quote =true)

x:需要匯出的資料

file:匯出的檔案路徑

sep:分隔符,預設為空格(" "),也就是以空格為分割列

row.names:是否匯出行序號,預設為true,也就是匯出行序號

col.names:是否匯出列名,預設為true,也就是匯出列名

quote:字串是否使用引號表示,預設為true,也就是使用引號表示    

RNA seq中的基因表達量計算和表達差異分析

差異分析的步驟 1 比對 2 read count 計算 3 read count 的歸一化 4 差異表達分析 背景知識 1 比對 普通比對 bwa,soap 開大gap 比對 tophat bowtie2 2 read count 多重比對的問題 丟棄平均分配 利用unique region 估計...

R中的正規表示式

r中有兩種形式的正規表示式 擴充套件的和perl風格的。在部分函式中允許通過fixed true和perl true來選擇是否使用正規表示式並在perl風格和擴充套件風格中選擇,這些函式包括 grep,grep1,sub,gsub,regexpr,gregexpr,regexec,strsplit等...

理解正規表示式中的 R 遞迴

先來個最簡單的正規表示式遞迴 字串 abc123dsf654wre485wer652 傳統作法 w d w d w d w d 遞迴做法 w d r 當然這個例子不太合適,只能說明正則的遞迴用法罷了 其實還可以用 w d 你看遞迴的好處,精悍短少 有力 傳統作法無法比擬。在網上找了一番正則遞迴的資料...