生信指令碼練習（6） 求read每個位點的cg分布

這是另外一題，也是cg含量，

但是是求乙個fastq檔案中每個read位點的cg分布情況

這個解法是逐行讀取檔案，比較優雅

number  = {}

buffer = 200
for i in range(buffer):
kkk = i 
number[kkk] = 0
with
open("test1.fastq","r") as f:
line_number = 0
while true: 
line = f.readline()
line_number += 1
if line_number % 4 == 2 : 
for i in range(len(line)):
kkk = i 
ifline[kkk] == "c"
orline[kkk] == "g" :
number[kkk] = 1 + number[kkk] 
else:
pass
ifnotlen(line):
break
#print(number) 
f = open('cg.txt', "w")
f.write('location'+ "\t" + 'number'+ '\n' )
for k,v in
number.items(): 
f.write(str(k+1)+"\t"+str(v)+"\n") 
f.close()

setwd("\\desktop") 

data
= t) 
plot(data
$location,data
$number,main=
"折線圖",xlab=
"number",ylab=
"len",col=
"red",cex=
1,lwd=
1,type
='o')

# 每條reads的cg分布 畫圖

library(ggplot2)
setwd("c:\\desktop") 
dataa 
#print(data)
jpeg("pie.jpeg",width=2000,height=2000,res=300) 
ggplot(dataa, aes(x = location, y = number)) +
geom_line()+
geom_point()
dev.off()

# 8.14 修改 這也是逐行讀，修正了突然出現多幾個鹼基的read就會報錯的bug

#另外用matplotlib畫了個圖,最後的轉折是因為沒去掉末尾的換行符。。
import os
import matplotlib.pyplot as plt
os.chdir("d:/") 
with
open("a1_r1.fq","r") as f:
number = {}
line_number = 0
while true: 
line = f.readline().strip()
line_number += 1
if line_number % 4 == 2 : 
for i in range(len(line)):
if i in
number:
ifline[i] == "c"
orline[i] == "g" :
number[i] = 1 + number[i] 
else:
ifline[i] == "c"
orline[i] == "g" :
number[i] = 1
else:
number[i] = 0
iflen(line) == 0:
break
print(number)
line_number = (line_number-1)/4 
fanal = {}
for k,v in
number.items(): 
fanal[k+1] = v/line_number 
x = list(fanal.keys())
y = list(fanal.values())
plt.plot(x, y)
plt.ylabel('frequency')
plt.xlabel('location')
plt.title('cg of reads')
#plt.text(6, .15, r'$\mu=100,\ \sigma=15$')
plt.show()

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