plink做SNP篩選和GWAS

1.vcf轉ped/map:

plink --vcf spirits.recode.vcf --recode --out test

plink --file 513lines_4429snps_110506 --freq --out test

plink --file 513lines_4429snps_110506 --maf 0.05 --geno 0.2 --out test --recode

用excel編輯獲取fid，iid檔案以及表型檔案：

選擇個體檔案：

1 l1

2 l2

3 l3

4 l4

5 l5

6 l6

7 l7

8 l8

9 l9

10 l10

fid     iid     t1      t2      t3

1 l1 4.5514 4.0234 1.5055
2 l2 2.4888 2.2576 1.4878
3 l3 4.9849 3.413 1.1411
4 l4 7.9829 5.8398 1.31127
5 l5 1.7586 3.088 1.7824
6 l6 2.2273 4.0377 1.943
7 l7 8.1565 4.6783 0.6993
8 l8 2.8122 3.6162 1.33192
9 l9 2.3489 4.4685 1.9838

plink --bfile test --keep keep.txt --recode --out use_test

plink --allow-no-*** --file use_test --pheno phe.txt --assoc --adjust --all-pheno --out test

利用PLINK進行GWAS分析

plink軟體輸入檔案的常見格式型別 1，一般格式 ped map 2，轉置格式 tped tfam 3，二進位制格式 bed bim fam 幾種格式之間可以相互轉換。推薦使用bed bim fam這種格式，讀取速度快。bed檔案包含snp資料，是二進位制格式，不能由notepad 等文字編輯器開...

plink處理資料使用記錄

vcf 檔案轉換為 ped 和 map檔案 plink noweb vcf amp snp anno.vcf recode out output double id 轉換為二進位制檔案 plink noweb file output make bed out outputb quality cont...

如何對SNP設計引物 CAPS, dCAPS

最近一直在幫師姐根據snp找基因組上的酶切多型位點，然後給她提供該位點附近1kb的序列，讓她去設計引物。由於我本科就做過一點點的遺傳定位，當時用的是sscp 單分子構象多型性 去區分單個鹼基差異，所以我對snp分子比較的檢測方法就侷限在高通量測序和sscp而已。然後今天猛然聽師兄說他要用dcaps來...