4天你也可以自己處理二代三代轉錄組資料分析

2021-08-19 14:06:51 字數 2508 閱讀 2213

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課程簡介

一、轉錄組的應用、設計和案例分享

二、轉錄組分析流程實戰

三、轉錄組高階分析

四、三代測序技術概述

五、三代測序基本分析流程

主講教師

助教團隊

培訓時間

授課地點

課程**

**優惠活動

轉錄組大家都很熟悉了,我們之前也有幾篇介紹:

上次轉錄組培訓後,還有不少新朋友希望能再開一期。5月份又恰逢乙個在美國做三代測序分析 (pacbio和nanopore)的朋友回國,機會難得,就決定在5月12日-20日在北京鼓樓再開一期,前兩天二代轉錄組測序分析,後兩天三代轉錄組測序分析。

這麼多的內容看似與我們之前推崇的內容要少,學會是王道,有些不符。但多次培訓下來,發現大家的接受能力都比較強,而且在微生物組擴增子培訓時, 我們探索了乙個更好的方式,保證在內容多的時候,也可以不同層次的朋友學會。

我以前推崇學習就要敲**,我們在教授基礎課時都是現場講解思路、現場敲**、現場除錯,演示整個程式的編寫、除錯過程,給大家感受寫程式的過程。而且助教老師和學員們會臨時提出很多問題和需求,現場一起去解決,在這個過程中都能學到很多新知識和新用法。我們第一期轉錄組也是這麼進行的,當時設定的內容比較少,整個學習下來很紮實。

我們在擴增子課程中第一次探索了提供整個分析流程的方式,一步步講解一遍流程的細節,一步步執行體驗流程,再重頭講一遍流程,反覆至少三遍 (之所以說至少,是因為中間也會對多個細節進行多次講解和討論),從理論和操作都對流程和結果有了深入理解。而且我們做了很好的封裝,如果應用於自己的資料,只需修改下對應的實驗設計檔案,就可以獲得最終的分析圖表。

這樣不同基礎的朋友都可以有自己的收穫:

基礎薄弱些的學會了可以按照要求提供輸入獲得所有結果,並進行解讀;

基礎好一些的朋友,可以閱讀流程裡面的指令碼怎麼寫的,跟自己之前的做些比較。分析技能學到一定程度都是有個相互比照,互相閱讀**,才能更好進步;

基礎再好的,可以在這個基礎上,提出更多需求,一起寫作拓展流程;

在正在進行的chip-seq課程中,軟體安裝基於conda,執行環境近乎一鍵部署;提供了整套分析命令,封裝上沒有擴增子課程做的好,但總體易用,簡單改下樣品名字即可用。這個課程也是目前課上討論比較熱烈的課程,一邊執行著流程,一邊講解流程並討論新的解決方式,整個過程下來感覺很充實,頭腦風暴+現場實現。資料處理中流程是一方面,細節把握也很重要,這個需要不斷討論才能了解更深。

(如果基礎薄弱,報名付款成功後,可免費領取基礎程式課,做好準備工作, 讓程式成為我們的得力工具而不是學習新知識的絆腳石。)

課程簡介

一、轉錄組的應用、設計和案例分享

測序資料質量評估和清洗

基於比對的差異基因分析

不基於比對的差異基因分析

轉錄本組裝和選擇性剪接分析

目標基因gsea\go富集分析

三、轉錄組高階分析

pacbio和oxford nanopore測序的原理

三代測序的特點和應用

三代測序在轉錄組研究的優勢和案例分享

五、三代測序基本分析流程

原始測序序列去除接頭和錯誤序列

提取環形一致序列讀長(ccs reads)

ccs reads分類(包括全長和非全長ccs reads)

ccs reads聚類(根據ccs reads序列的相似性)獲得最終的轉錄本集合

最終轉錄本比對回基因組

轉錄本定量和可變剪接分析

(不同版本會有細微差別,具體流程以實戰專家講述為主。)

如果您有其它關注的問題,也請報名時提出,把這次課程變成您的定製講解。

主講教師

主講老師包括愛荷華大學、中科院微生物所、遺傳發育所、基因組所、生物物理所等多名本領域一線技術專家。

助教團隊

十餘名科學院、清華、北大博士(含在讀),輪值講師和助教,輔助學員學習和矯正培訓過程中不足的點。

培訓時間

2018-05-12 到 2018-05-13 (主要是二代測序)

2018-05-19 到 2018-05-20 (主要是三代和二三混合)

每天早9點到晚5點,半封閉式教學

授課地點

北京市西城區鼓樓明德大廈 (北京市舊鼓樓大街47號院2號樓2010)。

課程**

限時優惠4199 元/人

之後恢復原價6999元/人 (住宿自行解決,提供培訓期間午餐)

名額有限,每次課程報名滿30人後自動關閉報名通道

提供易漢博基因科技實習機會或工作機會

**優惠活動

座位按報名並成功繳費順序從前到後龍擺尾式排序

贈送價值188元線上生信基礎課程一門,目前的《應用python處理生物資訊資料和作圖》、《生物資訊作圖系列r、cytoscape及圖形排版》和《生物資訊中的linux應用》任選其一。(

多人(n,10>n>1)組團報名並同時繳費,每人還可獲得價值n百元的禮品(京東購物卡)。

*注意事項

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成為實驗中不可或缺的人,趕快報名吧!

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