MINT 蛋白質相互作用資料庫簡介

2021-08-31 01:25:36 字數 2523 閱讀 2515

mint, 全稱molecular interaction database, 是乙個蛋白質相互作用的資料庫,該資料庫中的蛋白相互作用都是由專家審核過的有實驗證據支援的,目前該資料庫涵蓋了607個物種,共117001個蛋白相互作用關係。**如下

對於蛋白a和蛋白b, 如果二者存在相互作用,就說存在乙個interaction, 而蛋白a和b稱之為interactors, 在mitab格式的檔案中,除了記錄interaction 之外,還記錄了interactors的諸多屬性。該檔案列數很多,下面對前15列資訊進行說明

1. column1

第一列記錄的資訊為unique identifier for interactor a, 代表蛋白a的唯一識別符號,在mint資料庫中,採用的是uniprot資料庫中的蛋白編號,比如uniprotkb:q4zga4

2. column2

第二列記錄的資訊為unique identifier for interactor b, 和第一列的內容類似,用來記錄蛋白b的唯一識別符號

3. column3

第三列記錄的資訊為alternative identifier for interactor a, 代表蛋白a的其他識別符號,比如在intact資料庫中的蛋白編號intact:ebi-9675545, 在mint資料庫中的蛋白編號intact:mint-1525738, 或者是在uniprot資料庫中的別名,比如uniprotkb:a0sdz7, 多個識別符號用|連線

4. column4

第四列記錄的資訊為alternative identifier for interactor b,和第三列類似,用來記錄蛋白b的其他識別符號

5. column5

第五列記錄的資訊為aliases for a, 代表其他資料庫中的名字,格式為databasename:name(alias type), 比如對應的基因名稱uniprotkb:hbz(gene name), 多個別名用|連線

6. column6

第六列記錄的資訊為aliases for b, 和第五列類似,用來記錄蛋白b的別名

7. column7

第七列記錄的資訊為interaction detection methods,代表蛋白相互作用檢測的方法,格式為databasename:identifier(methodname),比如psi-mi:「mi:0096」(pull down)

8. column8

第八列記錄的資訊為first author,代表記錄該蛋白相互作用的文獻的第一作者

9. column9

第九列記錄的資訊為identifier of the publication,代表對應文獻的識別符號,比如pubmed:22458338

10. column10

第十列記錄的資訊為ncbi taxonomy identifier for interactor a, 代表蛋白a對應物種的tax id,比如human為taxid:9606(human)|taxid:9606(homo sapiens)

11. column11

第十一列記錄的資訊為ncbi taxonomy identifier for interactor b,和第十列類似,用來記錄蛋白b對應的物種

12. column12

第十二列記錄的資訊為interaction types,代表相互作用的型別,格式為databasename:identifier(interactiontype),比如psi-mi:"mi:0915"(physical association)

13. column13

第十三列記錄的資訊為source databases,代表該相互作用**的資料庫,比如psi-mi:"mi:0471"(mint)

14. column14

第十四列記錄的資訊為interaction identifiers,代表相互作用的識別符號,比如在intac資料庫中的識別符號intact:ebi-7355797, 在mint資料庫中的識別符號mint:mint-68665, 多個資料庫中的識別符號用|連線。

15. column15

第十五列記錄的資訊為confidence score,代表相互作用結果的打分值,比如intact-miscore:0.52, 不同的實驗證據其強度不同,通過打分值來衡量相互作用的可靠程度

蛋白質相互作用的研究是非常重要的,所以關於蛋白質相互作用的資訊如何表示和儲存,專門有團隊研究和制訂了特定的檔案格式,並且規定了各種鑑定方法和相互作用型別對應的專有名詞,詳細資訊見如下鏈結

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