對於基因組資料分析而言的話，我們能用到網路分析的就是蛋白相互作用分析(protein-protein ineraction, ppi)分析了。
蛋白相互作用分析的資料庫有很多，至於為什麼選擇string，還是在於其強大的視覺化，以及自定義功能。這樣我們可以得到資料結果的同時，還可以得到相對好看的圖。下面我們就來介紹一下string 資料庫如何使用吧~
基本檢索
我們在開啟資料庫之後，在選單欄可以看到很多種來進行相互作用關係**的選項。如果我們有乙個目標蛋白，想要檢視這個蛋白的可能的相互作用蛋白可以選擇protein by name；如果我們有很多蛋白，想要檢視這些蛋白之間的相互作用關係，那就可以選擇multiple proteins。
由於我們在之前的差異表達分析的時候，可以得到很多基因，所以我們這裡選擇multiple proteins來進行下一步分析。這裡我們需要的輸入的就是基因名即可，基因名與基因名之間通過通過換行來間隔。另外需要做的就是選擇目標物種，由於我們做的是人的分析，所以選擇人即可。
文章剩餘內容《
MINT 蛋白質相互作用資料庫簡介
mint,全稱molecular interaction database,是乙個蛋白質相互作用的資料庫，該資料庫中的蛋白相互作用都是由專家審核過的有實驗證據支援的，目前該資料庫涵蓋了607個物種，共117001個蛋白相互作用關係。如下 對於蛋白a和蛋白b,如果二者存在相互作用，就說存在乙個inte...
蛋白質相互作用系列 GN快速演算法
通過前兩篇部落格，我們知道gn演算法的時間複雜度並不理想，當網路中包含上千個頂點時，這個演算法會耗費大量時間。鑑於此，newman 2004 1 描述了乙個快速演算法。經測試，該演算法能很好的分析生成的網路和真實世界的網路，並比原先演算法快了近千倍！快速演算法的時間複雜度為o m n n 當時稀疏網...
蛋白質相互作用位點標籤的獲取方法
目前對蛋白質相互作用位點的 即是判定表面氨基酸中哪些事介面殘基。目前，對介面殘基的定義有兩種 第一種定義，基於氨基酸殘基的可及表面積的變化程度。蛋白質相互作用形成複合物是通過蛋白質與蛋白質之間相互接觸發生相互作用，因此溶劑可及表面積會相應發生變化，我們定義該殘基為介面殘基，是該殘基在形成複合物之後可...