目前對蛋白質相互作用位點的**即是判定表面氨基酸中哪些事介面殘基。目前，對介面殘基的定義有兩種：
第一種定義，基於氨基酸殘基的可及表面積的變化程度。
蛋白質相互作用形成複合物是通過蛋白質與蛋白質之間相互接觸發生相互作用，因此溶劑可及表面積會相應發生變化，我們定義該殘基為介面殘基，是該殘基在形成複合物之後可及表面積減少超過某一閾值（通常為乙個平方埃），反之，稱為非介面殘基。
第二種定義，基於alpha碳原子之間的距離。蛋白質與蛋白質相互接觸的情況可以通過蛋白質鏈之間的α碳原子之間的距離進行描述。在相互作用的過程中，如果乙個殘基的α碳原子與相互作用的蛋白質鏈上的表面殘基的任意乙個α碳原子之間的距離小於1.2奈米，則稱為介面殘基，反之稱為非介面殘基。
通過這兩種定義，我們對所有的資料集進行樣本處理，兩種定義方法產生的結果大部分是相同的結果，部分稍有不同，我們只採用兩種定義方法重合的部分進行**和分析。
MINT 蛋白質相互作用資料庫簡介
mint,全稱molecular interaction database,是乙個蛋白質相互作用的資料庫，該資料庫中的蛋白相互作用都是由專家審核過的有實驗證據支援的，目前該資料庫涵蓋了607個物種，共117001個蛋白相互作用關係。如下 對於蛋白a和蛋白b,如果二者存在相互作用，就說存在乙個inte...
蛋白質相互作用系列 GN快速演算法
通過前兩篇部落格，我們知道gn演算法的時間複雜度並不理想，當網路中包含上千個頂點時，這個演算法會耗費大量時間。鑑於此，newman 2004 1 描述了乙個快速演算法。經測試，該演算法能很好的分析生成的網路和真實世界的網路，並比原先演算法快了近千倍！快速演算法的時間複雜度為o m n n 當時稀疏網...
常見蛋白質種類 什麼是優質蛋白質？雞蛋大豆算不算
蛋白質都是由氨基酸構成的，大部分的氨基酸可以在人體內合成，但是有八種氨基酸是人體無法合成，只能從食物中獲取的，這八種氨基酸就叫做必需氨基酸，其中，嬰兒有9種。八種必需氨基酸的為 甲硫氨酸 蛋氨酸 異亮氨酸 纈氨酸 亮氨酸 苯丙氨酸 色氨酸 蘇氨酸 賴氨酸 嬰兒還包括組氨酸 食物蛋白質中，如果有一種或...