三個關鍵字，國內，高通量和轉錄組2023年4月18日，國內第一篇植物根部單細胞轉錄組文章在 molecular plant 發表，題為"a single-cell rna sequencing profiles the developmental landscape of arabidopsis root", 位址為乙個網頁工具:
原本計畫在題目中加上諸如「重大技術突破」，「重大進展」等詞，但是考慮我們是嚴謹的科研工作者，決定就用一些比較客觀詞就夠了。並且，我覺得用那麼多形容詞，反而有一種擔心別人認識不到這篇文章重要性的感覺。
關於植物單細胞測序，其實前段時間在 plant physiology, developmental cell 和 plant cell 已經有相應的文章的發表，說明已經有人嘗試將單細胞測序技術應用到植物上。
我們這篇文章也是和植物根細胞發育相關，通過前期大量預實驗，成功捕獲7,695個根單細胞轉錄組資料。在那麼多細胞量的情況下， 我們一共發現24個細胞類群，讓我們能更深刻的理解植物的根部結構。在高維資料視覺化上，我們不僅僅使用了t-sne方法，還採用umap方法進行視覺化，並且發現umap能更好的展示類群之間的關係。在後續的細胞發育軌跡的刻畫上，我們根據umap提供位置資訊，選取了臨近類群進行分析，展現出根部細胞發育更加連續的過程。
當然除了文章本身，我其實更想寫的是文章背後的人，也就是我的師兄張天奇，因為他既做了這篇文章的實驗部分，也做了文章的資料分析部分。最早，張天奇師兄是負責溼實驗，沒有任何生物資訊學背景。由於我跟著他坐在一塊，他剛好有一台macbook pro(mbp)，然後我就忍不住想讓他多用mac的命令列，畢竟買mac不會用命令列，那就是浪費呀，所以一有機會我就演示幾個命令，後來他就開始用命令列完成一些工作，比如說檔案重新命名，檔案移動等。最開始的單細胞資料分析工作是我負責探索，我在伺服器上搭建了對應的分析平台，cellranger，rstudio server等，然後將分析過程都進行了翻譯。由於我還有自己的課題，發現單細胞個性化的探索實在是太耗費時間了，於是我開始教我師兄學習r語言。當然這裡的「教」也只是將我寫的rmarkdown給了我師兄，他根據文件內容慢慢的執行，出了錯我負責解決而已。最後，他又會linux，還會r語言，就將這篇文章給分析了出來。
高通量資料
sra是ncbi 推出的儲存高通量資料的格式，而平常我們工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 轉成fastq sratoolkit.2.1.16 centos linux64，解壓就可以用 sratoolkit.2.1.16 centos linux64 bin fastq dump 然後使...
基因測序與高通量測序區別
基因測序是一種新型基因檢測技術，能夠從血液或唾液中分析測定基因全序列，罹患多種疾病的可能性，個體的行為特徵及行為合理，如癌症或白血病，運動天賦，酒量等。基因測序相關產品和技術已由實驗室研究演變到臨床使用，可以說基因測序技術，是下乙個改變世界的技術。普通的基因測序 指 常規dna測序 是用sanger...
高通量測序中常見名詞解釋
m 常用於描述reads 的數量。例如 10m 就是 10 10 6 條reads g 常用於描述這一批次測序共有的鹼基數量。例如 10g 就是10 10 9個鹼基 比如說對於3g測序量的理解 3g指有 5 10 9 個鹼基，假如採取illumia的pe150測序，即150bp雙端測序，算有多少m測...