模擬環境設定
今天介紹lammps軟體輸入檔案中的最後乙個部分：模擬環境設定
這部分主要涉及四個命令：velocity；fix；timestep；run
velocity命令：
由於是分子動力學模擬，所以模擬過程中原子是動的，所以模擬初期我們需要給與原子初速度。例（常用）：
velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian
其中all表示賦予所有原子；
300 為300 k；
4928459為隨機正整數；
dist gaussian為原子速度分布滿足高斯分布。
timestep命令：
設定模擬步長，例：
timestep 0.001 (ps還是fs與之前介紹的units命令有關)
fix命令（常用用法）：
控制體系在溫度為300k左右t的nvt環境下模擬
設定bottom區域（region命令）的原子的受力為0（固定原子時會用到）
run命令：
設定執行步數，例：
run 10000
表示執行10000步，執行步數與步長相乘即可得模擬時間（不是計算時間~）
總體來說，lammps軟體完成乙個完整的md模擬所需要的主要命令到此已經全部介紹完了，後面就開始根據具體例子以及相關文獻來幫助各位進一步熟悉這些命令以及介紹一些輔助性命令~
老老實實待在家學習吧~
今天就先介紹到這裡~
歡迎各位關注~
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