質控引數簡介

2021-10-19 08:42:01 字數 559 閱讀 8418

min tailing qual: 從讀段 3 端開始切除質量值低於 指定值 的鹼基,這個有必要的話,可以提高

min leading qual: 從讀段 5 端開始切除質量值低於 指定值 的鹼基,這個除非資料用於組裝,否則不建議使用,主要原因是可能引入過多看似測通甚至正反向讀段位置不合理的資料

crop(kept 5』end): 從讀段 5 端開始,保留指定個鹼基,其他切掉,這個引數一般用於資料去 bias,在某些情況下用到,比如大規模的做,對於同個實驗產生的資料,幾乎不可能用上

crop(remo 5』end): 從讀段 5』端開始,切除指定個鹼基,這種在一些資料上有用處,但目前用得不多,可以直接從 fastqc 結果知曉。在小rna測序資料上,有一定的資料可用上

sliding windsize: 滑窗大小,可以調節,預設是 4個鹼基 計算一次

sliding windqual: 視窗最低平均質量值,低於這個值,會切斷讀段,保留 5端,捨去 3 端,還是不錯的

min read length: 質控後讀段最低長度,36 其實還是比較嚴格的,但沒事,二代測序,資料量大,當然按理說 25 以上常常足夠了

xhprof 引數簡介

function name 方法名稱。calls 方法被呼叫的次數。calls 方法呼叫次數在同級方法總數呼叫次數中所佔的百分比。incl.wall time microsec 方法執行花費的時間,包括子方法的執行時間。單位 微秒 iwall 方法執行花費的時間百分比。excl.wall time ...

pyInstaller 引數簡介

以下介紹假設使用者指令碼為main.py,生成結果為main.exe。有些引數實在很少用到,只列出簡單介紹,具體請參閱原文。原文 英文 通用引數 引數名描述說明 h顯示幫助無 v 顯示版本號 無 distpath 生成檔案放在 預設 當前目錄的dist資料夾內 workpath 生成過程中的中間檔案...

make j 引數簡介

在linux編譯程式的時候,io往往不是瓶頸,那cpu就應該是乙個影響編譯速度的重要因素了。用make j帶乙個引數,可以把專案在進行並行編譯,比如在一台雙核的機器上,完全可以用make j4,讓make最多允許4個編譯命令同時執行,這樣可以更有效的利用cpu資源。還是用kernel來測試 用mak...