fastq資料質控過濾軟體 soapnuke 使用

# 安裝2.0version 參照readme.md

for

2.x:

make

./soapnuke

--使用測試：

./soapnuke filter -1 /home_extend/u****/r/exam/newbgiseq500_1.fq.gz -2 /home_extend/u****/r/exam/newbgiseq500_2.fq.gz -c newbgiseq500_clean_1.fq.gz -d newbgiseq500_clean_2.fq,gz \

-l 10 -q 0.1 -n 0.01 -g 1 -q 2 -o /home_extend/u****/r/exam/cleandata
## -o 指定輸出目錄

--引數設定介紹：

soapnuke -1 path_to_fastq1 -2 path_to_fastq2 -t 4 -n 0.1 -l 5 -q 0.5 -q 2 -g -5

1 -o outdir -c path_to_cleanfastq1 -d path_to_cleanfastq2 
# 引數說明
-t 執行緒
#adapter related:
-n, --nrate float n rate threshold [0.05
]-l, --lowqual int low quality threshold [5
] 
-q, --qualrate float low quality rate [0.5
] 
-q, --qualsys int quality system 1:illumina, 2:sanger[1]，詳見-g 引數。 
-g, --outqualsys out quality system 1:illumina, 2:sanger[1
]，如果設定了就表示質量值體系選擇為phred33，預設是phred64。這個說明文件不是很清楚，
在soapnuke中sanger表示phred33，illumina表示phred64質量體系。之所以會這樣其實開發該軟體的歷史原因，在比較早期的時候，phred33和phred64這兩個詞用的還比較少。
開發人員知道的是sanger測序的質量值是ascii-33，而illumina的質量值要-64
（早期版本），因此為了好記，就直接用了這兩個詞，代表和sanger的一樣，或者和illumina的一樣；
這個引數和-q是有同樣的作用。-33的質量體系，使用-q 2 （或者 -g ，也可以兩個引數都使用)
-1, --fq1 file fq1 file
(required),read1的fasq檔案
-2, --fq2 file pe(雙端)測序時，需要read2的fastq檔案 ，即fastq2
-c, --cleanfq1 str clean fq1 file
name(required ,gz format)
-d, --cleanfq2 str clean fq2 file
name
-o, --outdir str 輸出目錄，預設當前目錄 
-3, --maxreadlen int read max length,default 49
forfiltersrna
-4, --minreadlen int read min length,default 18
for filtersrna,30
for other modules

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