建樹是分子系統發育與進化研究中繞不過去的一道坎，本文就本人實際經驗介紹貝葉斯樹的實際操作：
基於不同原理的系統發育樹構建方法的比較
bayesian inference (bi）建樹
需要使用的軟體包括: paup、sequencematrix、mrmodeltest、mrbayes軟體
資料準備
1.1 資料格式轉換
將fasta資料格式轉為nex檔案格式，可使用mega等軟體。
1.2 為nex格式檔案新增mrmodelblock命令文字
2. 使用paup計算score值
直接使用windows-paup開啟上一步貼上有mrmodelblock的nex檔案。
3. 使用mrmodeltest計算推薦模型 （mrmtgui軟體已失效）
本文使用的是linux版本的mrmodeltest，命令列如下；
4. 準備mrbayes輸入檔案
4.1 開啟介面版windows-paup，執行，open， execute ----選擇.nex格式檔案，
轉換至標準nexus。
4.2 將3步驟得到的best-fit model貼上到到mrbayes block參考指令碼中，複製貼上到轉換好的nexus標準檔案末尾中。 請根據自己的實際情況更改mrbayes block。
5. 執行mrbayes軟體
雙擊軟體中mrbayes.3.2.7-win64.exe，輸入帶有mrbayes block的nex檔案。命令如下：
from rindy
6. 運算結束後，可進行後續視覺化操作。
mrbayes執行結束後輸出結果
貝葉斯 01 初識貝葉斯
分割線 分割線 分割線 分割線 分割線 分割線 分割線 分割線 分割線 分割線 分割線 分割線 分割線 最先知道貝葉斯公式還是四年前的概率論和數理統計課上，時間也很久了，具體內容早已經忘記，不過畢竟曾經學過，重新看過還是得心應手的。大概用兩三篇的內容來介紹一下貝葉斯，以及機器學習中很重要的一部分 樸...
貝葉斯 02 理解貝葉斯
首先簡略回顧一下，全概率和貝葉斯。其實這兩者是密不可分的，互相之間是乙個順序問題，全概率反過去就是貝葉斯，這類問題只需要區分清楚是知道原因求結果，還是知道結果尋原因就可以了。全概率公式是計算由諸多原因而導致的某件複雜事情發生的概率，而貝葉斯就是在這件複雜的事情已經發生的前提下，去尋找諸多原因中，某一...
貝葉斯公式
貝葉斯定理由 英國數學家貝葉斯 thomas bayes 1702 1763 發展，用來描述兩個條件 概率之間的關係，比如 p a b 和 p b a 按照 乘法法則 p a b p a p b a p b p a b 可以立刻匯出 如上公式也可變形為 p b a p a b p b p a 例如 ...