bwa基因測序

bwa 是一款將序列比對到參考基因組上的軟體。常用演算法是bwa-mem。

bwa-mem演算法在比對長度為70-100bp的序列時，效果比bwa-backtrack 演算法的效果更好。通常情況下，選擇bwa-mem演算法。

git clone 

cd bwa
make
make install

（1）bwa建立索引：

方法一:

bwa index mm10.fasta

bwa index  mm10.fasta -p genme

bwa index -a bwtsw ref.fasta         #對於大基因組建立fm-index

bwa index -a is ref.fasta             #對小基因組建立index，速度快，記憶體消耗大

bwa mem -t 4 genome f2-19.1.fastq f2-19.2.fastq > f2-19.mem.sam

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