今天博主博士答辯完畢啦，超開心的，撒花~
雖然很疲憊（昨晚太晚睡了==），但想到今天跟師妹說給她gene-based關聯分析的方法。
於是，決定還是整理好了再休息休息。
好，進入主題。
之前的推文我曾經寫過使用vegas2（versatile gene-based association study）進行gene based的關聯分析研究。
但用過的人就知道，vegas2有個很明顯的缺點，跑起來很佔cpu，因此今天再重新推薦另乙個工具gcta，也是可以計算gene-based關聯分析的。
wget
解壓：unzip gcta_1.92.4beta2.zip
cd gcta_1.92.4beta2
準備summary_statistics的輸入檔案gwasp，輸入檔案gwasp包括兩列，第一列是snp的id，第二列是snp的p值（這裡顯示的是p-value）。
準備基因型檔案1000g_eur，基因型檔案可以是公共資料庫的，比如千人基因組的。值得注意的是，你拿到的資料是什麼人群的，基因型檔案就選用相應的人群資料，比如你的資料是歐洲祖先，那麼基因型的話就選用千人基因組的歐洲祖先人群，而不是所有樣本（兩千多個）。
基因型檔案1000g_eur為plink格式（bed,bim,fam或者map,ped）,plink格式還不了解？見推文gwas分析基本流程及分析思路
準備glist-hg19.txt檔案，格式如下所示：
準備好gwasp、1000g_eur和glist-hg19.txt後，輸入如下命令：
gcta64 --bfile 1000g_eur --maf 0.01 --fastbat gwasp --fastbat-gene-list glist-hg19.txt --out gwasp_result --thread-num 10
完成以上分析後，會得到gwasp_result.gene.fastbat的結果檔案，其示例如下所示：
今天的介紹就到這，明天有時間的話再推一篇超實用的工具！
祝各位周一愉快！
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