《生物資訊學》 李霞 生信概念

2022-03-25 20:03:11 字數 867 閱讀 2103

挑戰:尋找新的處理海量資料和複雜性的方法。

生信:

說了什麼:

研究物件:       以核酸、蛋白質等生物大分子資料庫

研究手段方法:數學、資訊學、電腦科學

研究工具:       計算機硬體、軟體、計算機網路

研究目的:       對浩如煙海的原始資料進行獲取、加工、儲存、分配、分析、管理、注釋解釋,使之成為具有明確生物意義的生物資訊。

並通過生物資訊的查詢、搜尋、比較、分析,從中獲取基因編碼、基因調控、核酸和pro結構功能及其相互關係等理性知識。

在大量資訊和知識的基礎上探索生命起源、生物進化以及細胞、器官和個體的發生、發育、病變、衰亡等生命科學中重大問題,弄清它們的基本規律和時空聯絡。

是什麼:

科學角度:  研究生物(生物相關的)系統中「資訊內容」和「資訊流向」的 綜合系統科學。

工具角度:  有關生物(醫藥)研究開發所必須的工具。

用處:         臨床診斷、檢驗、用藥參考建議

怎麼實現的:

在linux系統上(操作各種資料處理軟體),利用prel or python程式語言處理資料,儲存在mysql or mongodb

各種測序方法、一二三代測序原理、測序儀、操作流程

各種比對軟體,及其引數設定、軟體命令操作、輸出結果解讀(有用資訊提取),

各種格式的檔案流程:下機資料格式.fasta/fastq --> 比對後格式.bam/sam --> 變異資料格式.vcf --> 注釋檔案.bed/gff/gtf

各種注釋軟體:

各種視覺化工具:

生物資訊學軟體 自學生物資訊學

我是生物工程專業出身,在大三保研時選擇了生物資訊的道路,到現在為止已經在行業裡摸爬滾打了6年的時間,在這6年的學習之路上疑惑過,也迷茫過,特此把我學習的過程以及遇到的問題總結出來以讓大家避免出現同樣的問題。在我學習生物資訊過程的基礎上帶著大家順暢的走一遍。在學習生物資訊學之前,我們先來了解一下什麼是...

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生物資訊學緒論

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