dbscan聚類演算法的R實現

2021-07-09 16:39:12 字數 1077 閱讀 4055

首先,先講下需要解決的問題:

問題:挑選出了一條染色體上的一些gene位點,用dbscan演算法檢查下這些基因在位置上有沒有聚集。

輸入檔案:(id,start,end) 

gene0001        1       1323

gene0002        1483    2619

gene0003        2580    4889

gene0009        14089   14664

ps:基因已按照起始位置排序

dbscan核心思想:如果乙個點,在距它

eps的範圍內有不少於

minpts

個點,則該點就是核心點。核心和它

eps範圍內的鄰居形成乙個簇。在乙個簇內如果出現多個點都是核心點,則以這些核心點為中心的簇要合併。

r**實現:

args

datoutfile

diselse if (left =n)

else

}region_cluster

else}}

return(region);

}gene_dis

for (i in 1:nrow(dat))

}result

rownames(result)

colnames(result)

if ( max(result$cluster)>0 )

outcolnames(out)

rownames(out)

write.table(out,outfile,quote=f, col.names = na,sep="\t")

}else

輸出格式:

start   end

region1  11111  12000

region2  12001 120002

dbscan已有r包,寫的**沒有卵用,但還是祭奠下~~~

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