在組裝完66個品系水稻的contig後，也找到了變異資訊如snp/indel， sv等，下面的工作就是從各種角度對這些變異資訊繼續解讀。
如果你手頭上拿著多個物種的全基因組變異資訊，那麼你可以一言不合就建乙個系統發育樹。
66個品種的鄰接樹
我們都嘗試過用幾天序列建樹，那麼全基因組變異資訊建樹是如何操作的呢？其實也比較粗暴，就是構建了66x66的snp配對係數，然後用phylip的neighbor軟體構建進化發育樹。你可能會覺得這樣子會不會丟失很多資訊，從而不太準確。其實只要你的大方向正確，反而不需要斤斤計較區域性的得失。
那麼建樹有什麼意義和好處呢？和之前的結果相互驗證，表明自己選擇的物種都是比較具有代表性，最起碼能夠分開。
隨後又可以整乙個馴化選擇掃瞄(domestication selection scan)。 這個名詞咋聽起來一臉懵逼，其實和另乙個詞序列多型性或核酸多型性有關，主要是衡量乙個群體的多型性。最常用也是第乙個提出的計算公式如下，由 nei 和 li在2023年提出
序列多型性
公式你可能看不懂，但是知道概念後就可以用軟體了，比如說mega，比如說r包popgenome.
最後和之前的1529份低覆蓋資料相比，找到了6個新的位點。當然作者也很謹慎，不太好說泛基因組的資料得到的結果更加有效，畢竟樣本量也就是60.
6個新的多型性位點
作者還對3種亞洲栽培稻（aus, aromatic , tropical japonica）在7個和水稻馴化相關位點進行進化上的分析，發現aus有點奇怪，不能完全被栽培稻分支上，這就說明aus 可能還沒有完全馴化。
不太合群的aus
此外，作者還發現幾個秈稻往粳稻滲入的證據。 他們首先找到了807,139個在秈稻和溫帶粳稻高度差異的snp。然後在熱帶粳稻裡面檢視這些位點的資訊，將近16%的熱帶粳稻裡面有秈稻的基因組滲入證據。尤其裡面還有和溫度耐受相關的位點ostt1 (os03g0387100)和大粒位點os07g0505200
每日文獻 2018 01 10
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每日文獻 2018 01 12
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每日文獻 2018 01 29
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