單細胞轉錄組測序技術及各類資料分析方法總結

2022-08-24 15:51:13 字數 510 閱讀 3449

自從2023年單細胞轉錄組測序(single-cell rna-seq,scrna-seq)技術首次問世,至今已經有幾十種不同的scrna-seq技術相繼被開發出來。在過去的十年裡,單細胞轉錄組測序技術得到了蓬勃的發展,從而使得可在單細胞水平揭示全基因組範圍內所有基因的表達情況,可以更精準的開展細胞間的表達異質性研究、鑑定新的細胞亞型、解析早期胚胎的發育等。

單細胞測序流程(** :

1. 單細胞轉錄組測序技術(scrna-seq)及細胞分離技術分類彙總

2. 單細胞測序資料的降維方法及細胞亞型的鑑定聚類方法總結

3. 單細胞測序資料的差異表達分析方法總結

4. 基於單細胞測序資料構建細胞狀態轉換軌跡(cell trajectory)方法總結

5. 單細胞轉錄組測序資料的可變剪接(alternative splicing)分析方法總結

單細胞測序技術及應用進展

發表於 基因組學與應用生物學,2015 年,第34 卷,第5 期,第902 908 頁 本文講了什麼?細胞是生命的單位,然而大多數的人類基因組 癌症或其它研究仍然是通過從多個細胞中抽提dna 來進行測序,這忽略了細胞間的差異對於控制基因表達 細胞行為的影響,實驗結果往往表示的是細胞群體中訊號表達的均...

Hemberg lab單細胞轉錄組資料分析(二)

開發scrna seq的新實驗方法和操作手冊是目前很火的研究領域,而且最近這些年已經發表了一些改進方法。上圖可以看出檢測的細胞數目以指數形式增加,以下是乙份不完全的列表 總體流程如下圖所示 這些方法可以用不同的方式分類,但兩個最主要的優化是 定量和捕獲。定量有兩種型別 全長型和標籤型 tag bas...

國內高通量植物單細胞轉錄組文章

三個關鍵字,國內,高通量和轉錄組 乙個網頁工具 2019年4月18日,國內第一篇植物根部單細胞轉錄組文章在 molecular plant 發表,題為 a single cell rna sequencing profiles the developmental landscape of arabi...