BSA混合分離分析法

2022-03-09 20:41:09 字數 586 閱讀 4866

bsa(bulked segregant analysis)又稱混合群體分離分析法,是利用極端性狀進行功能基因挖掘的一種方法。主要思想是將兩個具有極端性狀的群體進行混池測序,比較兩個群體在多型位點(snp)的allele frequency(af)是否具有顯著差異。以植物株高性狀為例,收集株高處於兩個極端的樣本分別混池測序,通過全基因組掃瞄,找到af具有顯著差異的位點,然後通過相關研究結果,對這些位點進行篩選,找到影響株高的功能位點。​

bsa在2023年就被提出(giovannoni et al., 1991; michelmore et al., 1991),只不過當時使用的標記不是snp而是rapd和rflps等傳統標記。隨著二代測序的發展,snp標記的開發和測序成本的下降,使bsa技術成為qtl定位的有力工具。​

最近在bsa技術上的出色工作,主要為日本iwate biotechnology research center的乙個團隊。他們開發出了mutmap(abe, a. et al., 2012)、qtl-seq(takagi, h. et al., 2013)、mutmap+(r fekih et al., 2013)、mutmap-gap(takagi, h. et al., 2013)等。​​​

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